More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_0748 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 187 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  67.26 
 
 		 169 aa  231  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  66.07 
 
 		 169 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  66.07 
 
 		 169 aa  223  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  64.85 
 
 		 166 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  61.73 
 
 		 167 aa  211  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  59.52 
 
 		 171 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  50.59 
 
 		 173 aa  165  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 182 aa  158  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  48.21 
 
 		 176 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  47.13 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  46.75 
 
 		 173 aa  154  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.24 
 
 		 198 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.19 
 
 		 201 aa  134  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  42.6 
 
 		 185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 		 200 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  42.6 
 
 		 188 aa  127  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 		 204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  41.88 
 
 		 199 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  40.85 
 
 		 212 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  40.64 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  42.33 
 
 		 185 aa  119  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  32.76 
 
 		 173 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  42.42 
 
 		 189 aa  118  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  41.82 
 
 		 189 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  37.23 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  41.21 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 		 175 aa  111  7.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  42.17 
 
 		 176 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 		 231 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 173 aa  108  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 223 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 223 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  39.16 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  39.16 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.56 
 
 		 163 aa  105  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  39.39 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.44 
 
 		 191 aa  96.3  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  35.52 
 
 		 188 aa  95.5  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.02 
 
 		 157 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.5 
 
 		 172 aa  90.9  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.09 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 166 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 		 174 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  30.68 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 		 189 aa  86.7  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 		 170 aa  86.7  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  37.35 
 
 		 169 aa  86.3  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 		 170 aa  85.9  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 		 172 aa  85.5  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 175 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 		 176 aa  85.5  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 		 182 aa  84.7  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 		 187 aa  84.3  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  34.39 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  29.76 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 		 172 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 		 223 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 209 aa  77.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 		 171 aa  77.4  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 173 aa  77  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 		 168 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  27.37 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  34.81 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  28.32 
 
 		 173 aa  74.7  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 248 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>