More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1280 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 1015 aa  2090    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  28.19 
 
 		 1051 aa  300  7e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  45.45 
 
 		 650 aa  206  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  45.28 
 
 		 1192 aa  201  5e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5951  signal transduction histidine kinase, LytS  27.66 
 
 		 975 aa  187  7e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.580279  normal  0.0504112 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01910  Autolysin sensor kinase  39.13 
 
 		 729 aa  177  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.665726  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  41.67 
 
 		 1182 aa  168  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  22.3 
 
 		 1021 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.17 
 
 		 1258 aa  163  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  22.75 
 
 		 1070 aa  158  4e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.71 
 
 		 1397 aa  158  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.6 
 
 		 1063 aa  156  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  22.82 
 
 		 1070 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1007  signal transduction histidine kinase, LytS  35.14 
 
 		 684 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  23.51 
 
 		 1342 aa  145  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.03 
 
 		 1327 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  26.77 
 
 		 1384 aa  139  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  21.76 
 
 		 1355 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0672  signal transduction histidine kinase, LytS  37.2 
 
 		 289 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  37.8 
 
 		 631 aa  139  4e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  25 
 
 		 1418 aa  137  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  21.85 
 
 		 1374 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  26.1 
 
 		 1373 aa  136  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  40.76 
 
 		 671 aa  136  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  22.33 
 
 		 1114 aa  135  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  22.17 
 
 		 1407 aa  134  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.84 
 
 		 1363 aa  132  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6581  signal transduction histidine kinase, LytS  32.71 
 
 		 541 aa  130  9.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  24.77 
 
 		 1298 aa  126  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  21.43 
 
 		 1105 aa  125  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  22.56 
 
 		 1370 aa  124  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.18 
 
 		 1093 aa  122  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3977  signal transduction histidine kinase, LytS  36.27 
 
 		 675 aa  121  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.932944  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.61 
 
 		 1374 aa  120  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1584  histidine kinase internal region  38.1 
 
 		 304 aa  120  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0238683 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  25.5 
 
 		 1340 aa  120  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  23.96 
 
 		 1313 aa  120  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  27.11 
 
 		 1311 aa  119  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  22.17 
 
 		 1250 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.72 
 
 		 1414 aa  117  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.85 
 
 		 1526 aa  117  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  25.36 
 
 		 1378 aa  116  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  30 
 
 		 1037 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  20.57 
 
 		 1086 aa  114  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  20.28 
 
 		 1347 aa  113  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  25.38 
 
 		 1005 aa  112  4.0000000000000004e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  19.44 
 
 		 1316 aa  112  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  31.43 
 
 		 358 aa  111  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  25.22 
 
 		 1344 aa  111  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  20.74 
 
 		 1118 aa  111  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  19.96 
 
 		 1373 aa  111  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  24.36 
 
 		 1378 aa  111  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 		 1226 aa  111  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2657  signal transduction histidine kinase, LytS  31.78 
 
 		 478 aa  110  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  33.48 
 
 		 357 aa  110  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  21.09 
 
 		 1347 aa  108  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  23.09 
 
 		 1004 aa  107  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  31.95 
 
 		 360 aa  107  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  22.05 
 
 		 1534 aa  107  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  20.6 
 
 		 1054 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  32.23 
 
 		 403 aa  106  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21 
 
 		 1335 aa  105  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 		 1498 aa  105  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  21.03 
 
 		 1396 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  38.38 
 
 		 455 aa  103  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  21.9 
 
 		 1334 aa  102  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  31.51 
 
 		 408 aa  102  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  19.98 
 
 		 1374 aa  102  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  19.51 
 
 		 954 aa  102  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  21.36 
 
 		 1400 aa  101  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  21.83 
 
 		 1515 aa  100  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  31.96 
 
 		 408 aa  100  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  33.52 
 
 		 389 aa  100  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  32.44 
 
 		 398 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  24.01 
 
 		 1324 aa  100  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  24.22 
 
 		 1366 aa  100  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 		 388 aa  100  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  30.77 
 
 		 374 aa  100  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  31.71 
 
 		 374 aa  99.8  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  22.52 
 
 		 1024 aa  99.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  20 
 
 		 1351 aa  99  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  22.92 
 
 		 1346 aa  98.6  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  36.93 
 
 		 576 aa  98.2  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  20.07 
 
 		 1349 aa  97.8  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.12 
 
 		 1237 aa  97.8  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  25.87 
 
 		 1343 aa  97.8  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  32.16 
 
 		 394 aa  97.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.57 
 
 		 1505 aa  97.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  33.15 
 
 		 379 aa  97.1  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  28.84 
 
 		 1036 aa  96.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  19.9 
 
 		 1034 aa  96.3  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  24.93 
 
 		 1404 aa  96.3  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  21.37 
 
 		 1388 aa  95.9  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  24.11 
 
 		 1278 aa  95.5  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  21.29 
 
 		 1306 aa  95.5  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  33.13 
 
 		 831 aa  95.9  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  20.2 
 
 		 1502 aa  95.5  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 362 aa  94.7  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  30.22 
 
 		 390 aa  95.1  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 		 422 aa  94.7  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>