More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1150 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 379 aa  776    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  43.96 
 
 		 360 aa  281  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  43.37 
 
 		 357 aa  279  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  40.33 
 
 		 358 aa  237  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  36.24 
 
 		 369 aa  209  9e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  36.46 
 
 		 381 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3719  sensor histidine kinase  36.39 
 
 		 392 aa  204  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  35.59 
 
 		 380 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  35.42 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  33.07 
 
 		 377 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  35.71 
 
 		 642 aa  157  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  38.02 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  36.55 
 
 		 586 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  36.44 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 		 357 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3912  signal transduction histidine kinase, LytS  36.68 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  36.99 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 394 aa  132  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  39.81 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  32.44 
 
 		 568 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 446 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  34.75 
 
 		 366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  36.18 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  37.04 
 
 		 576 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  35.07 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1541  histidine kinase internal region  32 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.441637 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  33.77 
 
 		 580 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  30.2 
 
 		 361 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  35.19 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  34.76 
 
 		 831 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  30.8 
 
 		 603 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1113  signal transduction histidine kinase, LytS  30.06 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.981525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5302  signal transduction histidine kinase, LytS  34.98 
 
 		 407 aa  119  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.107324 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4590  putative sensor with HAMP domain  36.23 
 
 		 577 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  34.78 
 
 		 408 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  28.15 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  33.02 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  28.38 
 
 		 726 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  36.59 
 
 		 575 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  33.17 
 
 		 561 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 569 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  35.68 
 
 		 558 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0276  signal transduction histidine kinase, LytS  35.15 
 
 		 561 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  29.38 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  35.64 
 
 		 563 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  35 
 
 		 572 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  35 
 
 		 572 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2453  histidine kinase internal protein  37.26 
 
 		 568 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278514  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  37.62 
 
 		 465 aa  116  7.999999999999999e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  34.67 
 
 		 563 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  32.35 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  30.34 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  28.76 
 
 		 414 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1724  signal transduction histidine kinase, LytS  35.83 
 
 		 395 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  37.06 
 
 		 352 aa  113  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  34.33 
 
 		 561 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  34.31 
 
 		 561 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2094  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase internal region:5TM Receptors of the LytS-YhcK type, transmembrane region  34.5 
 
 		 577 aa  112  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  34.33 
 
 		 561 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  34.33 
 
 		 561 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  34.33 
 
 		 561 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0148  putative sensor with HAMP domain  31.74 
 
 		 594 aa  112  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  32.84 
 
 		 607 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  30.2 
 
 		 645 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  32.59 
 
 		 491 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  34.7 
 
 		 576 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0918  histidine kinase  30.99 
 
 		 443 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4086  signal transduction histidine kinase, LytS  32.19 
 
 		 412 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  31.88 
 
 		 408 aa  110  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0199  putative sensor with HAMP domain  28.33 
 
 		 589 aa  110  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 410 aa  110  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  30.32 
 
 		 340 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  33.51 
 
 		 565 aa  110  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  33.51 
 
 		 565 aa  110  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  33.51 
 
 		 565 aa  110  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  33.51 
 
 		 559 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  33.51 
 
 		 559 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  33.51 
 
 		 559 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1526  signal transduction histidine kinase, LytS  34.45 
 
 		 377 aa  110  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  33.51 
 
 		 559 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  33.51 
 
 		 559 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  33.51 
 
 		 559 aa  110  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  27.92 
 
 		 346 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  30.3 
 
 		 345 aa  109  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0884  membrane signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 579 aa  109  8.000000000000001e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  33.67 
 
 		 561 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  32.24 
 
 		 567 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  32.18 
 
 		 566 aa  109  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  33.84 
 
 		 556 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  35.78 
 
 		 576 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  30.81 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3306  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 483 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>