More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5460 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3604  TetR family transcriptional regulator  97.55 
 
 		 204 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4643  TetR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 206 aa  373  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609609  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  88.78 
 
 		 206 aa  373  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3720  TetR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 206 aa  373  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0838127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2388  TetR family transcriptional regulator  88.78 
 
 		 206 aa  360  7.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5007  TetR family transcriptional regulator  81.54 
 
 		 239 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  50.25 
 
 		 209 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  50.25 
 
 		 209 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 209 aa  95.5  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 211 aa  92.8  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 202 aa  92.8  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 221 aa  62  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  41.27 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  40.54 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  41.1 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  62.5 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_126  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  55.32 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0252  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 229 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6361  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  44.12 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04830  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.764774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 200 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06680  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0881  regulatory protein TetR  30.81 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  56.1 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3870  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0541518  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 231 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2800  TetR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 210 aa  51.6  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2306  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 208 aa  51.2  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  48.78 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2584  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.130445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_002936  DET0117  transcriptional regulator, putative  24.31 
 
 		 190 aa  50.8  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  30.06 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  22.29 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 280 aa  50.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0106  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.156451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 233 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1770  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 203 aa  49.7  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 246 aa  49.7  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>