More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6641 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  682    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.12 
 
 		 305 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.63 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.05 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.42 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.23 
 
 		 306 aa  305  6e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.59 
 
 		 328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.92 
 
 		 338 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.79 
 
 		 294 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.65 
 
 		 299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.27 
 
 		 299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.65 
 
 		 299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.9 
 
 		 316 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.34 
 
 		 324 aa  238  9e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.54 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.51 
 
 		 324 aa  235  8e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.86 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.08 
 
 		 315 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.34 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.59 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.52 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.23 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.59 
 
 		 327 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.48 
 
 		 297 aa  226  6e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.93 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.1 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  49.61 
 
 		 270 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.84 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.39 
 
 		 323 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  40.74 
 
 		 179 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  31.87 
 
 		 219 aa  99.8  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.8 
 
 		 169 aa  97.1  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  32.12 
 
 		 168 aa  96.7  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.03 
 
 		 604 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.03 
 
 		 579 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  32.16 
 
 		 181 aa  96.3  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  31.33 
 
 		 171 aa  95.5  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.98 
 
 		 591 aa  95.5  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  35.36 
 
 		 200 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  32.76 
 
 		 191 aa  94  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  35.36 
 
 		 201 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 593 aa  93.6  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  36.62 
 
 		 579 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  34.13 
 
 		 208 aa  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  30.11 
 
 		 199 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  34.44 
 
 		 187 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.21 
 
 		 183 aa  90.9  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  35.71 
 
 		 172 aa  90.9  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  30.81 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32 
 
 		 199 aa  90.5  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  31.07 
 
 		 198 aa  90.1  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  35.92 
 
 		 203 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 594 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  29.82 
 
 		 172 aa  89  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  28 
 
 		 197 aa  88.2  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.29 
 
 		 190 aa  87.4  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.29 
 
 		 196 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  35.52 
 
 		 224 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  28.57 
 
 		 264 aa  85.9  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.53 
 
 		 175 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  33.93 
 
 		 175 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  37.09 
 
 		 552 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  36.18 
 
 		 173 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  36.75 
 
 		 177 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  31.71 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  32.39 
 
 		 185 aa  84  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  32.93 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  33.76 
 
 		 168 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.17 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.67 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  33.93 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.9 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  32.17 
 
 		 181 aa  82  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  32.86 
 
 		 196 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.71 
 
 		 539 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  34.29 
 
 		 197 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  32.2 
 
 		 178 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  32.39 
 
 		 192 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.55 
 
 		 183 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  33.1 
 
 		 192 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  31.58 
 
 		 178 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  28.49 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  33.55 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.93 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  36.43 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  32.89 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  35.81 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  35.81 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  35.92 
 
 		 615 aa  79.7  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  31.82 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  32.41 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  32.95 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  32.73 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  27.88 
 
 		 177 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.52 
 
 		 172 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.72 
 
 		 170 aa  79  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  30.94 
 
 		 204 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.82 
 
 		 195 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  32.9 
 
 		 170 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>