More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0697 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  83.75 
 
 
489 aa  855  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  100 
 
 
482 aa  1005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.40018e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  72.19 
 
 
507 aa  726  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  98.13 
 
 
482 aa  993  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  73.1 
 
 
484 aa  720  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  72.19 
 
 
507 aa  726  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  95.86 
 
 
483 aa  943  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  54.32 
 
 
488 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  73.12 
 
 
366 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  35.11 
 
 
503 aa  303  6e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  47 
 
 
292 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  31.26 
 
 
714 aa  265  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.7 
 
 
464 aa  260  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  5.46701e-05  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  31.37 
 
 
935 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  31.9 
 
 
458 aa  256  6e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.41 
 
 
474 aa  246  7e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.18 
 
 
794 aa  244  4e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  65.62 
 
 
160 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  30.52 
 
 
778 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  56.76 
 
 
204 aa  219  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  26.46 
 
 
712 aa  207  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  24.94 
 
 
775 aa  204  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  28.82 
 
 
941 aa  191  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  28.37 
 
 
923 aa  177  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
932 aa  177  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  28.54 
 
 
928 aa  170  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
589 aa  169  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.32214e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
928 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.54 
 
 
912 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  2.44551e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
928 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  28.6 
 
 
937 aa  166  7e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  27 
 
 
937 aa  165  2e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  28.24 
 
 
937 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  27.84 
 
 
937 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
937 aa  154  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
955 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  27.4 
 
 
932 aa  149  1e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 
772 aa  148  2e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
591 aa  146  7e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
1251 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
427 aa  144  5e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.47 
 
 
738 aa  140  4e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  27.83 
 
 
1065 aa  140  6e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.16 
 
 
364 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  32.28 
 
 
580 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 
610 aa  138  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 
438 aa  137  3e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
548 aa  137  3e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  32.14 
 
 
336 aa  135  1e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  39.27 
 
 
498 aa  135  2e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.5 
 
 
753 aa  135  2e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
620 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.38 
 
 
458 aa  133  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.11 
 
 
308 aa  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.58 
 
 
487 aa  133  7e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  25.75 
 
 
931 aa  133  8e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 
565 aa  132  1e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
629 aa  131  2e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
300 aa  131  2e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
309 aa  132  2e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  34.34 
 
 
556 aa  131  2e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  30.81 
 
 
485 aa  132  2e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
332 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
611 aa  130  4e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
320 aa  130  5e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  7.94548e-10 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.76 
 
 
451 aa  130  7e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.35 
 
 
340 aa  129  8e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  41.14 
 
 
569 aa  129  9e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  35.58 
 
 
477 aa  129  9e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.78 
 
 
373 aa  129  9e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  35.18 
 
 
735 aa  129  1e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
461 aa  129  1e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  26.64 
 
 
930 aa  129  1e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
477 aa  129  1e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  2.10421e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
227 aa  129  1e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.92 
 
 
669 aa  129  1e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
580 aa  128  2e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  1.65959e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  35.39 
 
 
371 aa  128  2e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.27 
 
 
634 aa  128  2e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
559 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  36.13 
 
 
443 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 
768 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.95 
 
 
671 aa  127  4e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 
686 aa  127  4e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  26.4 
 
 
469 aa  127  4e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  25.21 
 
 
934 aa  127  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.14 
 
 
355 aa  127  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.68 
 
 
668 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  28.37 
 
 
502 aa  127  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.62 
 
 
432 aa  127  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
431 aa  126  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.05 
 
 
430 aa  126  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
430 aa  126  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
581 aa  126  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 
1078 aa  126  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
431 aa  126  7e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
430 aa  126  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.29 
 
 
571 aa  126  8e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
431 aa  126  8e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  35.59 
 
 
345 aa  126  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>