More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4147 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
250 aa  481  1e-135  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  36.36 
 
 
301 aa  88.6  9e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  42.71 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  45.74 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.04 
 
 
1001 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.96 
 
 
327 aa  78.2  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  37.04 
 
 
620 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.8 
 
 
395 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.8 
 
 
459 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  33.88 
 
 
509 aa  75.1  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.8 
 
 
472 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  31.88 
 
 
1021 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  38.83 
 
 
173 aa  75.1  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  42.42 
 
 
470 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.54 
 
 
457 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  42.73 
 
 
289 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.14 
 
 
457 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.74 
 
 
475 aa  73.2  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  32.81 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  40.62 
 
 
499 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.51 
 
 
547 aa  72  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  35.09 
 
 
442 aa  71.2  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  37.74 
 
 
301 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  33.02 
 
 
1556 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  45.92 
 
 
733 aa  70.1  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 
423 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1379  cell wall hydrolase SleB  37.07 
 
 
262 aa  68.6  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  37.37 
 
 
337 aa  68.6  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  32.73 
 
 
503 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  44.66 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  31.97 
 
 
602 aa  67.8  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  36.7 
 
 
539 aa  67.8  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
409 aa  68.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03621  LysM domain-containing protein  25 
 
 
253 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.624755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  36.54 
 
 
517 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  35.09 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  41.58 
 
 
546 aa  67  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  32.28 
 
 
302 aa  67  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  35.42 
 
 
465 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  35.64 
 
 
448 aa  66.6  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  39.22 
 
 
289 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  31.62 
 
 
495 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  44.79 
 
 
261 aa  66.6  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0017  glycoside hydrolase family 18  40.62 
 
 
428 aa  66.6  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350058  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36.63 
 
 
429 aa  66.6  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  39.58 
 
 
428 aa  66.2  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  30.09 
 
 
519 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  40.62 
 
 
503 aa  65.9  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  38.14 
 
 
284 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.64 
 
 
517 aa  64.7  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  32.74 
 
 
473 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  36.46 
 
 
304 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  35.05 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  35.71 
 
 
377 aa  63.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  35.29 
 
 
514 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.58 
 
 
464 aa  63.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  38.68 
 
 
797 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  35.78 
 
 
568 aa  64.3  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  36.11 
 
 
404 aa  64.3  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.64 
 
 
465 aa  63.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  36.46 
 
 
633 aa  63.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2753  LysM/M23/M37 peptidase  37.38 
 
 
363 aa  63.2  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  36.04 
 
 
394 aa  63.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0883  peptidase M23B  36.63 
 
 
278 aa  63.2  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 
661 aa  63.2  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.14 
 
 
637 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.49 
 
 
406 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  32.37 
 
 
476 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.76 
 
 
455 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.49 
 
 
406 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.49 
 
 
406 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  31.18 
 
 
476 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.49 
 
 
406 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  29.63 
 
 
849 aa  62.4  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.14 
 
 
631 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  28 
 
 
443 aa  62.4  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.11 
 
 
593 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  31.18 
 
 
476 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  36.89 
 
 
515 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  38.24 
 
 
253 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1303  peptidoglycan-binding LysM  38 
 
 
112 aa  61.6  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.290391  normal  0.428505 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  29.63 
 
 
283 aa  61.2  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  38.32 
 
 
570 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  32.99 
 
 
1079 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  38 
 
 
511 aa  60.8  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  34.34 
 
 
314 aa  60.8  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  35 
 
 
368 aa  61.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  36.27 
 
 
515 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  30.94 
 
 
550 aa  60.8  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  32.29 
 
 
405 aa  60.1  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  32.43 
 
 
612 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  30.39 
 
 
286 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  27.71 
 
 
556 aa  60.1  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.02 
 
 
617 aa  60.1  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  31.21 
 
 
563 aa  60.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.43 
 
 
612 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  32.2 
 
 
555 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  31.73 
 
 
517 aa  60.1  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  30.4 
 
 
519 aa  60.1  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  33.33 
 
 
515 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>