87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3797 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3797  hypothetical protein  100 
 
 		 495 aa  960    Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00410976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0930  PucR family transcriptional regulator  65.87 
 
 		 464 aa  474  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.465733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22400  hypothetical protein  37.89 
 
 		 409 aa  213  9e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0193  CdaR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 429 aa  209  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  41.9 
 
 		 392 aa  203  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5059  putative transcriptional regulator, PucR family  37.96 
 
 		 395 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2218  PucR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 414 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.025406  normal  0.163117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4482  hypothetical protein  37.69 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.606872  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  37.47 
 
 		 417 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2075  hypothetical protein  39.09 
 
 		 414 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.300029  normal  0.31372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  37.29 
 
 		 417 aa  189  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  34.71 
 
 		 411 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  36.43 
 
 		 429 aa  180  5.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5328  putative transcriptional regulator, PucR family  34.61 
 
 		 479 aa  167  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  35.9 
 
 		 416 aa  167  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  35.25 
 
 		 447 aa  161  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2864  putative transcriptional regulator, PucR family  34.31 
 
 		 425 aa  152  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000667518  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0936  hypothetical protein  34.52 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1657  hypothetical protein  31.03 
 
 		 419 aa  139  7.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2495  putative transcriptional regulator, PucR family  37.09 
 
 		 399 aa  140  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.591683  normal  0.122494 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23270  hypothetical protein  33.49 
 
 		 430 aa  137  6.0000000000000005e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3793  putative transcriptional regulator, PucR family  31.72 
 
 		 415 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.254116  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4487  transcriptional regulator, CdaR  34.93 
 
 		 458 aa  113  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.93269 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1093  transcriptional regulator, CdaR  48.68 
 
 		 428 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1543  transcriptional regulator, CdaR  44.93 
 
 		 416 aa  78.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.513722 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0230  putative transcriptional regulator, PucR family  30.51 
 
 		 420 aa  70.1  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  37.86 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  30.92 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  36.99 
 
 		 554 aa  60.5  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  36.99 
 
 		 554 aa  60.5  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  36.99 
 
 		 554 aa  60.5  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7076  PucR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  52.54 
 
 		 525 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  30.26 
 
 		 558 aa  57  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 408 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  40.66 
 
 		 609 aa  54.3  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4680  putative transcriptional regulator, PucR family  26.45 
 
 		 405 aa  54.3  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  28.61 
 
 		 414 aa  54.3  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  31.35 
 
 		 538 aa  53.5  0.000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  25.36 
 
 		 418 aa  52.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 563 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5251  PucR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 312 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal  0.261771 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  38.2 
 
 		 514 aa  50.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  41.1 
 
 		 547 aa  50.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 381 aa  50.4  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  53.66 
 
 		 498 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  35.42 
 
 		 485 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  36.22 
 
 		 520 aa  48.5  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6547  CdaR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2612  putative PucR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 462 aa  49.3  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.164197 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 537 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  36.71 
 
 		 616 aa  48.9  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.03 
 
 		 601 aa  48.9  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  25.08 
 
 		 406 aa  47.8  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4118  putative transcriptional regulator, PucR family  36.99 
 
 		 498 aa  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  40.51 
 
 		 486 aa  47.8  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1274  putative transcriptional regulator, PucR family  35.45 
 
 		 420 aa  47.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 502 aa  47.4  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 486 aa  47  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  31.36 
 
 		 547 aa  47  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  34.87 
 
 		 502 aa  47  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  34.17 
 
 		 365 aa  46.2  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  38.27 
 
 		 481 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2346  regulator of polyketide synthase expression-like protein  34.21 
 
 		 681 aa  46.6  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520289  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  29.21 
 
 		 407 aa  46.6  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  39.19 
 
 		 515 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  45.61 
 
 		 561 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  30.28 
 
 		 540 aa  46.2  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  32.67 
 
 		 600 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  45.1 
 
 		 512 aa  45.4  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  42.59 
 
 		 510 aa  45.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 659 aa  44.7  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6696  putative transcriptional regulator, PucR family  36.08 
 
 		 410 aa  44.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.944538  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  38.89 
 
 		 511 aa  44.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  32.43 
 
 		 557 aa  44.3  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  52.27 
 
 		 522 aa  44.3  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2943  putative PucR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 468 aa  44.3  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5004  putative transcriptional regulator, PucR family  42.35 
 
 		 404 aa  44.3  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.351377  normal  0.990518 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  29.52 
 
 		 406 aa  43.9  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  35.54 
 
 		 386 aa  43.9  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  31.43 
 
 		 393 aa  44.3  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2630  transcriptional regulator, PucR family  37.33 
 
 		 528 aa  43.9  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0196857  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  43.86 
 
 		 611 aa  43.9  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  25.6 
 
 		 399 aa  43.1  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  37.88 
 
 		 529 aa  43.1  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  44.83 
 
 		 512 aa  43.1  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>