More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0380 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
555 aa  1144    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  41.86 
 
 
618 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  40.11 
 
 
587 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  42.46 
 
 
544 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  35.93 
 
 
620 aa  292  9e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  35.33 
 
 
547 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.89 
 
 
617 aa  205  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.72 
 
 
554 aa  184  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  29.72 
 
 
518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.33 
 
 
515 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  30.04 
 
 
524 aa  177  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.13 
 
 
534 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.07 
 
 
447 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.44 
 
 
552 aa  174  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.5 
 
 
543 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  28.18 
 
 
527 aa  171  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  29.19 
 
 
595 aa  169  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  32.13 
 
 
506 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.63 
 
 
499 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  31.39 
 
 
539 aa  168  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29 
 
 
495 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.44 
 
 
530 aa  166  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  30.79 
 
 
556 aa  166  9e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  29.91 
 
 
534 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  32.18 
 
 
501 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  30.84 
 
 
498 aa  163  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.92 
 
 
553 aa  161  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  28.98 
 
 
511 aa  161  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  30.38 
 
 
544 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  28.54 
 
 
507 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  27.51 
 
 
733 aa  159  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  30.75 
 
 
550 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  35.76 
 
 
512 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.97 
 
 
546 aa  157  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  28.28 
 
 
504 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.68 
 
 
527 aa  155  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  28.51 
 
 
504 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  28.01 
 
 
539 aa  155  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  30.28 
 
 
499 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  29.5 
 
 
448 aa  154  4e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  30.05 
 
 
467 aa  154  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.49 
 
 
532 aa  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.11 
 
 
528 aa  153  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  24.64 
 
 
610 aa  152  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  27.22 
 
 
638 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
515 aa  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  27.86 
 
 
474 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.61 
 
 
487 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  28.54 
 
 
474 aa  151  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  28.76 
 
 
498 aa  150  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
519 aa  150  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  28.72 
 
 
580 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  31.22 
 
 
557 aa  150  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  28.04 
 
 
538 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  30.37 
 
 
570 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.67 
 
 
547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  30.12 
 
 
484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.19 
 
 
517 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  25.87 
 
 
523 aa  147  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  26.68 
 
 
511 aa  146  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  27.61 
 
 
474 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  27.72 
 
 
528 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  27.97 
 
 
517 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  32.77 
 
 
477 aa  144  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  26.52 
 
 
612 aa  144  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  26.06 
 
 
514 aa  144  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.52 
 
 
612 aa  144  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  27.85 
 
 
415 aa  144  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  28.91 
 
 
479 aa  143  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.31 
 
 
517 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  31.18 
 
 
442 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.43 
 
 
564 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  28.14 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  28.88 
 
 
479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  33.44 
 
 
458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.02 
 
 
531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  26.86 
 
 
564 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  28.67 
 
 
572 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  28.54 
 
 
509 aa  141  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  30.85 
 
 
442 aa  141  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  27.49 
 
 
524 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  25.94 
 
 
518 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.07 
 
 
474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  30.93 
 
 
578 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  27.77 
 
 
548 aa  140  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  27.37 
 
 
561 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  26.36 
 
 
519 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  27.98 
 
 
516 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  28.44 
 
 
552 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  27.84 
 
 
524 aa  139  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.44 
 
 
530 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.44 
 
 
530 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  28.05 
 
 
514 aa  139  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  30.55 
 
 
476 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  26.52 
 
 
529 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  25 
 
 
498 aa  137  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  27.15 
 
 
525 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  28.18 
 
 
573 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  27 
 
 
525 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  28.64 
 
 
573 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>