More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0471 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
572 aa  1170    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.56 
 
 
710 aa  200  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 
594 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.28 
 
 
578 aa  177  4e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 
342 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
307 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.4 
 
 
342 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  32.6 
 
 
476 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.88 
 
 
329 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 
328 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 
328 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.76 
 
 
1078 aa  161  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.46 
 
 
698 aa  160  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  33.44 
 
 
847 aa  160  7e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.36 
 
 
980 aa  159  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.579103  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 
730 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  47.16 
 
 
559 aa  154  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.86 
 
 
531 aa  154  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.69 
 
 
548 aa  154  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
492 aa  153  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
1093 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
1093 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 
625 aa  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  48.65 
 
 
382 aa  151  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.02 
 
 
703 aa  150  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.5 
 
 
714 aa  150  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 
308 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 
308 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
860 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  50.61 
 
 
342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.58 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
860 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.88 
 
 
751 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  27.94 
 
 
1037 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.95 
 
 
696 aa  147  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.18 
 
 
709 aa  147  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.29 
 
 
654 aa  147  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  27.76 
 
 
451 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.99 
 
 
1000 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 
317 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 
327 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  28.28 
 
 
428 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 
444 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.53 
 
 
836 aa  145  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
705 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  35.11 
 
 
335 aa  145  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  48.48 
 
 
571 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  42.37 
 
 
510 aa  145  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
422 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1010 aa  144  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.45 
 
 
821 aa  144  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.96 
 
 
724 aa  144  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 
315 aa  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.01 
 
 
696 aa  143  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.67 
 
 
862 aa  143  8e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.1 
 
 
550 aa  143  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
301 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
2693 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
620 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  49.7 
 
 
378 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.23 
 
 
1101 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.43 
 
 
493 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
237 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.19 
 
 
569 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  44.79 
 
 
466 aa  140  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
496 aa  140  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.09 
 
 
685 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  45.34 
 
 
623 aa  140  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
611 aa  140  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
673 aa  140  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 
438 aa  140  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 
769 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 
322 aa  140  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  33.97 
 
 
660 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.92 
 
 
320 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
642 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 
1013 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.08 
 
 
954 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
263 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
1774 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  33.97 
 
 
332 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  45.35 
 
 
387 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 
457 aa  139  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  44.13 
 
 
584 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
259 aa  139  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
345 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  44.27 
 
 
466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.6 
 
 
820 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
285 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  44.27 
 
 
466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
460 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  44.27 
 
 
466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  42.69 
 
 
634 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
448 aa  138  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
448 aa  138  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.53 
 
 
763 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.21 
 
 
467 aa  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.28 
 
 
703 aa  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
711 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28 
 
 
505 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>