More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5950 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
291 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  95.53 
 
 
291 aa  563  1e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  63.02 
 
 
277 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  56.34 
 
 
274 aa  306  2e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  52.09 
 
 
269 aa  261  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  51.12 
 
 
278 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  53.46 
 
 
270 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 
275 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  47.15 
 
 
270 aa  235  5e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  47.49 
 
 
274 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  50 
 
 
273 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  49.62 
 
 
267 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  49.62 
 
 
267 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  46.69 
 
 
279 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  46.39 
 
 
270 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  49.21 
 
 
276 aa  206  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  46.3 
 
 
295 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  45.45 
 
 
282 aa  205  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  47.55 
 
 
289 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  46.12 
 
 
274 aa  203  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  47.55 
 
 
289 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  46.12 
 
 
274 aa  203  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  46.29 
 
 
297 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  40.75 
 
 
274 aa  189  3e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  45.45 
 
 
289 aa  189  3e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  45.42 
 
 
268 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  9.04095e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  44.28 
 
 
290 aa  188  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  41.29 
 
 
271 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  46.32 
 
 
290 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  46.56 
 
 
289 aa  185  8e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  43.89 
 
 
279 aa  184  1e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  43.12 
 
 
279 aa  184  1e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  47.15 
 
 
271 aa  182  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  46.79 
 
 
276 aa  180  3e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  38.91 
 
 
293 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  43.96 
 
 
275 aa  173  3e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  47.91 
 
 
266 aa  173  3e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  43.12 
 
 
275 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  43.13 
 
 
283 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  43.01 
 
 
275 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  41.03 
 
 
272 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.8 
 
 
286 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  39.77 
 
 
274 aa  159  7e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  33.58 
 
 
276 aa  156  5e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  46.88 
 
 
268 aa  156  5e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  37.96 
 
 
275 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  37.64 
 
 
294 aa  152  6e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  36.88 
 
 
294 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.19 
 
 
293 aa  149  4e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  37.69 
 
 
281 aa  149  4e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  37.97 
 
 
283 aa  147  2e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.43 
 
 
292 aa  147  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  38.27 
 
 
278 aa  145  6e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
287 aa  145  7e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.08 
 
 
292 aa  143  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.57 
 
 
294 aa  140  2e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.69 
 
 
288 aa  140  2e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  35.32 
 
 
277 aa  141  2e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.41 
 
 
290 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  35.45 
 
 
289 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.46 
 
 
296 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  31.99 
 
 
293 aa  138  8e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  34.7 
 
 
307 aa  138  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
310 aa  137  3e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
310 aa  137  3e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
310 aa  137  3e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  36.82 
 
 
277 aa  135  6e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  34.35 
 
 
306 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  37.09 
 
 
278 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  33.96 
 
 
287 aa  134  1e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  33.58 
 
 
306 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  45.81 
 
 
189 aa  133  4e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  33.58 
 
 
277 aa  133  4e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  34.32 
 
 
288 aa  133  4e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  33.09 
 
 
306 aa  132  7e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  32.83 
 
 
284 aa  132  1e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  32.71 
 
 
311 aa  130  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.52 
 
 
304 aa  129  5e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.19 
 
 
289 aa  129  7e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.19 
 
 
289 aa  129  7e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.19 
 
 
289 aa  129  7e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.19 
 
 
289 aa  129  7e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
278 aa  129  8e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  32.47 
 
 
276 aa  129  8e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  38.99 
 
 
281 aa  129  8e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  33.96 
 
 
295 aa  127  2e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  33.93 
 
 
321 aa  127  2e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  33.45 
 
 
283 aa  127  2e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  32.84 
 
 
307 aa  127  2e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  32.87 
 
 
289 aa  127  3e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  33.95 
 
 
284 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.84 
 
 
289 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  36.94 
 
 
275 aa  126  4e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  32.14 
 
 
282 aa  125  6e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
306 aa  125  8e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  36.74 
 
 
281 aa  125  8e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  33.57 
 
 
308 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  34.32 
 
 
304 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  34.77 
 
 
291 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  34.94 
 
 
282 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>