More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02620 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02620  hypothetical protein  100 
 
 
648 aa  1339    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.71 
 
 
866 aa  95.1  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  32.58 
 
 
489 aa  94.7  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.95 
 
 
994 aa  92.4  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  34.34 
 
 
495 aa  89.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 
853 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  32.61 
 
 
612 aa  85.9  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
492 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24270  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  32.16 
 
 
292 aa  85.5  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  30.82 
 
 
1477 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  33.13 
 
 
513 aa  84.7  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  32.94 
 
 
490 aa  84.7  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.07 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
495 aa  84.7  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
490 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  30.77 
 
 
490 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.81 
 
 
548 aa  84  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  35.8 
 
 
341 aa  84  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 
971 aa  84  0.000000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.34 
 
 
616 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  31.89 
 
 
427 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  31.14 
 
 
377 aa  83.2  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  30.69 
 
 
483 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.36 
 
 
474 aa  83.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  27.05 
 
 
341 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  31.01 
 
 
526 aa  82.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  34.16 
 
 
341 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
526 aa  82.4  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
500 aa  82.4  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  30.06 
 
 
498 aa  82.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.7 
 
 
1073 aa  82.4  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  33.33 
 
 
491 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  31.49 
 
 
533 aa  82  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
860 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31 
 
 
431 aa  82  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  28.4 
 
 
569 aa  82  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
880 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.45 
 
 
909 aa  81.6  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.89 
 
 
912 aa  81.6  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  31.61 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  30.38 
 
 
220 aa  81.6  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.75 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.48 
 
 
960 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.58 
 
 
657 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411883  normal  0.0692156 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  28.41 
 
 
555 aa  81.3  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
407 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
571 aa  81.3  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  29.69 
 
 
456 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  29.17 
 
 
444 aa  81.3  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.92 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.91 
 
 
1289 aa  80.9  0.00000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  30.72 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.99 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 
461 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.61 
 
 
626 aa  80.5  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.207218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.79 
 
 
420 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  32.08 
 
 
472 aa  80.5  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
459 aa  80.5  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
632 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
341 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
341 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
755 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  32.1 
 
 
583 aa  79.7  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
321 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.69 
 
 
341 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.16 
 
 
342 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  33.12 
 
 
341 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.21 
 
 
783 aa  79.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
762 aa  79.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  31.21 
 
 
492 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.97 
 
 
531 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  29.87 
 
 
836 aa  79  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  33.54 
 
 
539 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.55 
 
 
888 aa  79.3  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  31.4 
 
 
495 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
402 aa  79  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  30.18 
 
 
566 aa  78.6  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  31.82 
 
 
420 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0340  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  33.53 
 
 
487 aa  78.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  31.21 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
406 aa  78.6  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  29.85 
 
 
611 aa  78.6  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2451  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
287 aa  78.6  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357432  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 
578 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0536  diguanylate cyclase  33.12 
 
 
604 aa  78.2  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000248515  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  32.28 
 
 
512 aa  77.8  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.16 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  34.16 
 
 
526 aa  78.2  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  31.37 
 
 
453 aa  77.8  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0819  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.81 
 
 
793 aa  77.8  0.0000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00766455  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 
431 aa  77.8  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.44 
 
 
336 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  31.9 
 
 
481 aa  77.8  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 
517 aa  77.8  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>