More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1108 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1108  diguanylate cyclase  100 
 
 		 454 aa  933    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 436 aa  234  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  28.84 
 
 		 456 aa  157  4e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  26.29 
 
 		 466 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  27.06 
 
 		 457 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 457 aa  141  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  26.16 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.37 
 
 		 469 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  26.53 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  26 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  28.29 
 
 		 403 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  25.31 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  25.53 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  25.1 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28 
 
 		 428 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 454 aa  129  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 457 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  23.97 
 
 		 461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.24 
 
 		 453 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 322 aa  128  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  27.22 
 
 		 414 aa  128  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  25.98 
 
 		 454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  26.99 
 
 		 460 aa  127  5e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  25.78 
 
 		 420 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 306 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  24.8 
 
 		 419 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.79 
 
 		 457 aa  127  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  24.17 
 
 		 456 aa  126  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  25 
 
 		 458 aa  126  9e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 314 aa  126  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 317 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  25.33 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  25.21 
 
 		 461 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 546 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  24.84 
 
 		 458 aa  122  9e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 546 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 540 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  26.61 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 301 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  24.05 
 
 		 455 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  30.67 
 
 		 542 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  30.15 
 
 		 542 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 319 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 443 aa  120  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 546 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 452 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 393 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 546 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 555 aa  119  7.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.15 
 
 		 415 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.04 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  28.22 
 
 		 312 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  24.47 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  27.9 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  25.89 
 
 		 419 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 338 aa  118  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  24.42 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31 
 
 		 434 aa  117  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 485 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  29.41 
 
 		 551 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 308 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28 
 
 		 459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 308 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 917 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.61 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  29.14 
 
 		 551 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  27.59 
 
 		 544 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 308 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 302 aa  113  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 418 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 544 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 544 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  28.42 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.75 
 
 		 941 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.99 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  26.38 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 314 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.32 
 
 		 728 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 306 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 324 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>