More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2478 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_2478  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 379 aa  761    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1036  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 354 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.5 
 
 		 347 aa  106  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.03 
 
 		 418 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.48 
 
 		 890 aa  90.9  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 890 aa  90.5  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.06 
 
 		 664 aa  85.9  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 718 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 387 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 483 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.55 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  24.43 
 
 		 1073 aa  81.3  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  26.04 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.61 
 
 		 960 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 525 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 322 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.69 
 
 		 362 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 510 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 510 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  25.8 
 
 		 371 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 510 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 599 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 836 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 458 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 580 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 521 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 510 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.82 
 
 		 728 aa  74.3  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.27 
 
 		 558 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  29.27 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 		 833 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 305 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 510 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.41 
 
 		 353 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 498 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.23 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 518 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 555 aa  72.8  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  29.94 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 565 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 512 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 524 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 866 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3875  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  29.14 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  33.55 
 
 		 543 aa  70.5  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 510 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 629 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  31.68 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  28.3 
 
 		 522 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  30.65 
 
 		 497 aa  70.5  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2800  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.19 
 
 		 573 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  31.48 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.45 
 
 		 686 aa  70.1  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.33 
 
 		 896 aa  70.1  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  29.34 
 
 		 565 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.77 
 
 		 560 aa  69.7  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  28.25 
 
 		 423 aa  69.7  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  28.25 
 
 		 423 aa  69.7  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.18 
 
 		 797 aa  69.7  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 613 aa  69.7  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.56 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 530 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  39.22 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  30.97 
 
 		 457 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.11 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  30.32 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.42 
 
 		 792 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  28.3 
 
 		 319 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.67 
 
 		 550 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.09 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 680 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.32 
 
 		 586 aa  68.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 510 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.6 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.86 
 
 		 710 aa  68.6  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 432 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.17 
 
 		 458 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  35.4 
 
 		 555 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 630 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>