81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0190 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  100 
 
 		 242 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1290  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  51.24 
 
 		 250 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.791156 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3105  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  32.49 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3553  putative transmembrane protein  28.89 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  28.82 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2911  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  29.32 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.364706  normal  0.0141201 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0785  putative Tfp pilus assembly protein PilW  27.31 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.964306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2883  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  28.04 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932772 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1382  hypothetical protein  29.53 
 
 		 342 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  29.51 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  37.88 
 
 		 385 aa  56.2  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3245  hypothetical protein  30.86 
 
 		 434 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0781  transmembrane protein  26.86 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.903144  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  40 
 
 		 322 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  40 
 
 		 322 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3192  putative type IV pilus protein  31.09 
 
 		 261 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  40 
 
 		 322 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  37.88 
 
 		 429 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2672  hypothetical protein  29.81 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1938  hypothetical protein  29.81 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0838  hypothetical protein  29.81 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2071  hypothetical protein  29.81 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3911  hypothetical protein  26.87 
 
 		 269 aa  52.8  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  26.7 
 
 		 328 aa  52.8  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  40.26 
 
 		 326 aa  53.1  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0649  hypothetical protein  38.95 
 
 		 212 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.381902 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0850  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  31.82 
 
 		 185 aa  52.8  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.764335 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  38.57 
 
 		 322 aa  52.8  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0813  hypothetical protein  26.25 
 
 		 235 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  36.36 
 
 		 340 aa  52.4  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  35.53 
 
 		 323 aa  52.4  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3038  hypothetical protein  32.2 
 
 		 332 aa  52  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0541316  normal  0.15459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  35.14 
 
 		 330 aa  52  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  36.62 
 
 		 328 aa  51.6  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  32.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5192  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  25.76 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.25172  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0524  hypothetical protein  21.5 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.666002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  41.79 
 
 		 347 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0862  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.26 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  39.39 
 
 		 327 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  36 
 
 		 390 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  30.65 
 
 		 357 aa  50.1  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  39.13 
 
 		 337 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  37.5 
 
 		 342 aa  49.7  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0717  type IV pilus assembly protein PilW  35.14 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  35.29 
 
 		 328 aa  49.3  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  37.68 
 
 		 333 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  31.75 
 
 		 343 aa  49.3  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  37.04 
 
 		 395 aa  49.3  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2661  putative transmembrane protein  25.77 
 
 		 341 aa  48.9  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.334785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3230  putative type IV pilus protein  29.43 
 
 		 261 aa  48.9  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60290  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  24.32 
 
 		 275 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000623405 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2823  putative transmembrane protein  28.47 
 
 		 349 aa  48.1  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  38.1 
 
 		 388 aa  48.5  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  36.36 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  36.36 
 
 		 329 aa  47.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0827  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  30.53 
 
 		 189 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  39.68 
 
 		 312 aa  46.2  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0502  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  26.83 
 
 		 353 aa  46.2  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2907  type IV pilus assembly protein PilW  37.5 
 
 		 388 aa  46.2  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.952407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4553  hypothetical protein  27 
 
 		 215 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0609  hypothetical protein  40.3 
 
 		 214 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  30.56 
 
 		 344 aa  45.4  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5195  hypothetical protein  25.85 
 
 		 310 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.859516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4845  type IV pilus assembly protein PilW  22.98 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.623131 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3427  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.81 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0687  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  27.37 
 
 		 279 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0707  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.81 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  34.85 
 
 		 324 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0851  hypothetical protein  29.85 
 
 		 185 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3315  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.81 
 
 		 180 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0769  hypothetical protein  24.4 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1767  type IV pilus assembly protein PilW  30.14 
 
 		 418 aa  43.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.846676  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  28.7 
 
 		 373 aa  43.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  30.14 
 
 		 418 aa  43.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0720  hypothetical protein  26.23 
 
 		 313 aa  42.7  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.695713 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3252  Type IV pili fiber-building block protein  27.54 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0704  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  27.98 
 
 		 279 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.978225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  25.76 
 
 		 322 aa  42  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1084  hypothetical protein  28.57 
 
 		 377 aa  42  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0969  type IV pilin, putative  28.57 
 
 		 377 aa  42  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>