58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2885 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  100 
 
 		 340 aa  705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  60.24 
 
 		 330 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  59.71 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  58.61 
 
 		 333 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  59 
 
 		 323 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  58.16 
 
 		 337 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  54.23 
 
 		 326 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  56.36 
 
 		 322 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  56.97 
 
 		 322 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  56.67 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  57.14 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  56.67 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  54.24 
 
 		 324 aa  374  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  56.56 
 
 		 328 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  53.39 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  56.8 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  36.23 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  26.58 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  25.5 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  25.21 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  25.75 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2913  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  24.92 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  28.43 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  24.16 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  22.88 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  25.4 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  25 
 
 		 395 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2677  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  25.42 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  24.15 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  24.59 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0781  transmembrane protein  25.18 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.903144  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0715  type IV pilus assembly protein PilW  24.68 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0672  type IV pilus assembly protein PilW  24.86 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.573138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  40 
 
 		 388 aa  53.9  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  33.33 
 
 		 429 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  36.36 
 
 		 242 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  31.03 
 
 		 343 aa  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2880  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  21.45 
 
 		 391 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  29.87 
 
 		 212 aa  50.8  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1290  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.33 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.791156 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2520  hypothetical protein  23.7 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  24.76 
 
 		 226 aa  47  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3911  hypothetical protein  23.27 
 
 		 269 aa  46.2  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  33.33 
 
 		 418 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0769  hypothetical protein  33.33 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0813  hypothetical protein  30.67 
 
 		 235 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1767  type IV pilus assembly protein PilW  33.33 
 
 		 418 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.846676  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0255  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.26 
 
 		 226 aa  44.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  31.86 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0850  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.77 
 
 		 185 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.764335 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0862  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.77 
 
 		 189 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0487  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  32.88 
 
 		 259 aa  43.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000390624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3038  hypothetical protein  34.72 
 
 		 332 aa  43.5  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0541316  normal  0.15459 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0717  type IV pilus assembly protein PilW  29.33 
 
 		 235 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0025  type IV pilus assembly protein PilW  36.11 
 
 		 316 aa  43.1  0.007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0021  hypothetical protein  38.71 
 
 		 316 aa  42.7  0.009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1084  hypothetical protein  32.79 
 
 		 377 aa  42.7  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0969  type IV pilin, putative  32.79 
 
 		 377 aa  42.7  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>