41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2837 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  100 
 
 		 390 aa  811    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  46.75 
 
 		 395 aa  360  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2880  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  44.81 
 
 		 391 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2913  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  32.97 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  31.91 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2677  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  29.97 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  30.95 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  24.05 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  24.39 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.88 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  23.87 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  21.76 
 
 		 328 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.22 
 
 		 333 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.72 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  21.87 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.86 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.25 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  22.85 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  21.29 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  21.22 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  21.14 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  20.95 
 
 		 322 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  20.95 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  21.33 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1698  hypothetical protein  29.91 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.121021  hitchhiker  0.00778912 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  20.86 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0502  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  32.04 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  24.2 
 
 		 341 aa  53.9  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  38.03 
 
 		 344 aa  50.8  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3827  hypothetical protein  37.5 
 
 		 382 aa  50.4  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.365962  normal  0.196357 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  36 
 
 		 242 aa  50.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3429  hypothetical protein  23.88 
 
 		 307 aa  47.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  25 
 
 		 385 aa  47.8  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  30.77 
 
 		 429 aa  47  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5182  hypothetical protein  28.57 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0333814  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  22.54 
 
 		 342 aa  45.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  25.97 
 
 		 343 aa  45.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3553  putative transmembrane protein  26.91 
 
 		 349 aa  44.7  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0649  hypothetical protein  30.77 
 
 		 212 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.381902 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  24.93 
 
 		 418 aa  43.5  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1290  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  26.39 
 
 		 250 aa  43.1  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.791156 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>