56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2677 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2677  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  100 
 
 		 336 aa  683    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2913  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  68.6 
 
 		 345 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  59.76 
 
 		 347 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  61.06 
 
 		 346 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  29.97 
 
 		 390 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  27.79 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2880  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  30.33 
 
 		 391 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  25.14 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  26.32 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  28.57 
 
 		 357 aa  90.5  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.72 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  25.07 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  24.78 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  24.78 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  25.59 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.7 
 
 		 340 aa  86.7  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  24.78 
 
 		 322 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  27.27 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  24.06 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.67 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.97 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  25.36 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.5 
 
 		 327 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  26.59 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  23.43 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.34 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  25.65 
 
 		 385 aa  67  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  27.67 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0684  hypothetical protein  26.76 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1698  hypothetical protein  46.67 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.121021  hitchhiker  0.00778912 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  26.07 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0667  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0502  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  24.92 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  23.49 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3429  hypothetical protein  25.67 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  24.12 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  23.2 
 
 		 373 aa  50.4  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3827  hypothetical protein  27.78 
 
 		 382 aa  49.7  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.365962  normal  0.196357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  35.78 
 
 		 429 aa  49.7  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  34.62 
 
 		 346 aa  48.1  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  30 
 
 		 226 aa  48.1  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0769  hypothetical protein  48.1 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5192  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  29.23 
 
 		 274 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.25172  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0218  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  26.83 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.145783 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0785  putative Tfp pilus assembly protein PilW  22.02 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.964306  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4553  hypothetical protein  38.57 
 
 		 215 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  27.59 
 
 		 212 aa  45.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3911  hypothetical protein  43.59 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2907  type IV pilus assembly protein PilW  37.68 
 
 		 388 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.952407 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  26.35 
 
 		 343 aa  45.1  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4845  type IV pilus assembly protein PilW  27.54 
 
 		 237 aa  44.3  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.623131 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  26.9 
 
 		 242 aa  43.5  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1382  hypothetical protein  33.09 
 
 		 342 aa  43.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01138  hypothetical protein  36.92 
 
 		 210 aa  43.5  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2002  hypothetical protein  33.33 
 
 		 397 aa  43.1  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00963424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0960  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  29.23 
 
 		 282 aa  42.7  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.775575 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>