47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2560 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  100 
 
 		 373 aa  764    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  33.69 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  28.8 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  27.86 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  31.69 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0672  type IV pilus assembly protein PilW  26.6 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.573138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0715  type IV pilus assembly protein PilW  26.33 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  24.47 
 
 		 429 aa  79.7  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  25.78 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  25.75 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  26.62 
 
 		 418 aa  72.8  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1767  type IV pilus assembly protein PilW  26.62 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.846676  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0684  hypothetical protein  24.08 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0667  hypothetical protein  23.82 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  24.63 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.64 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0025  type IV pilus assembly protein PilW  25.3 
 
 		 316 aa  62  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0021  hypothetical protein  24.7 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  22.92 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4845  type IV pilus assembly protein PilW  30.77 
 
 		 237 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.623131 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.25 
 
 		 330 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  36.36 
 
 		 212 aa  54.3  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  43.33 
 
 		 322 aa  50.8  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  29.77 
 
 		 328 aa  50.1  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  22.54 
 
 		 328 aa  49.7  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  31.93 
 
 		 226 aa  49.7  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  27.27 
 
 		 322 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  28.57 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  27.27 
 
 		 322 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1290  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  31.3 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.791156 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  27.27 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  39.44 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  36.99 
 
 		 329 aa  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0717  type IV pilus assembly protein PilW  24.39 
 
 		 235 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0813  hypothetical protein  25.61 
 
 		 235 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  27.68 
 
 		 323 aa  47.4  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  26.62 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  40.91 
 
 		 327 aa  45.8  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  40 
 
 		 395 aa  45.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  31.86 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5192  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  33.33 
 
 		 274 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.25172  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.76 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  40.62 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0255  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  33.82 
 
 		 226 aa  43.9  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0502  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  36.92 
 
 		 353 aa  43.1  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  28.7 
 
 		 242 aa  43.1  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  20.41 
 
 		 346 aa  42.7  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>