73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0715 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0672  type IV pilus assembly protein PilW  96.8 
 
 		 344 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.573138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0715  type IV pilus assembly protein PilW  100 
 
 		 344 aa  699    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  39.36 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  34.39 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  33.53 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  32.96 
 
 		 344 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  28.24 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  26.42 
 
 		 388 aa  102  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  26.46 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1767  type IV pilus assembly protein PilW  24.76 
 
 		 418 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.846676  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  24.76 
 
 		 418 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  26.33 
 
 		 373 aa  96.3  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  28.03 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0667  hypothetical protein  27.4 
 
 		 355 aa  93.2  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0684  hypothetical protein  27.87 
 
 		 355 aa  92.8  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  24.94 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.66 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.88 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  25.27 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  26.59 
 
 		 328 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  25.77 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  23.94 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0021  hypothetical protein  27.4 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0025  type IV pilus assembly protein PilW  26.65 
 
 		 316 aa  67  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0649  hypothetical protein  42.86 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.381902 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  23.32 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0813  hypothetical protein  32.35 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0609  hypothetical protein  44.29 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0717  type IV pilus assembly protein PilW  31.54 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  24.66 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4553  hypothetical protein  41.43 
 
 		 215 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  24.53 
 
 		 326 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  24.3 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  24.66 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  24.8 
 
 		 322 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3105  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  31.78 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4845  type IV pilus assembly protein PilW  34.09 
 
 		 237 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.623131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0502  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  40 
 
 		 353 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  25 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  44.78 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0524  hypothetical protein  39.13 
 
 		 217 aa  54.7  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.666002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0785  putative Tfp pilus assembly protein PilW  39 
 
 		 273 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.964306  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3911  hypothetical protein  26.01 
 
 		 269 aa  53.9  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0769  hypothetical protein  26.21 
 
 		 270 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  36.92 
 
 		 322 aa  52.8  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  22.7 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  32.08 
 
 		 327 aa  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  22.12 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0264  putative pilus assembly protein PilW  34.38 
 
 		 334 aa  51.2  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.43803 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  36.62 
 
 		 226 aa  51.2  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  32.38 
 
 		 323 aa  50.4  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  22.46 
 
 		 329 aa  50.4  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2913  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  25.8 
 
 		 345 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3827  hypothetical protein  35.38 
 
 		 382 aa  50.1  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.365962  normal  0.196357 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  31.08 
 
 		 357 aa  50.1  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  35.94 
 
 		 390 aa  49.7  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0255  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  34.94 
 
 		 226 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3173  prepilin-type cleavage/methylation-like  37.1 
 
 		 288 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0655  hypothetical protein  39.53 
 
 		 213 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167321  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2002  hypothetical protein  33.82 
 
 		 397 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00963424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2022  hypothetical protein  38.98 
 
 		 337 aa  47  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2537  hypothetical protein  34.38 
 
 		 303 aa  46.6  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03025  pilin like competence factor  40.74 
 
 		 283 aa  46.2  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.651646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  32.81 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  27.41 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1863  hypothetical protein  32.81 
 
 		 290 aa  45.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3553  putative transmembrane protein  36.92 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5192  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  32.84 
 
 		 274 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.25172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2911  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  40.3 
 
 		 275 aa  43.9  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.364706  normal  0.0141201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2907  type IV pilus assembly protein PilW  37.88 
 
 		 388 aa  43.5  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.952407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2883  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  39.39 
 
 		 264 aa  43.1  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932772 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5195  hypothetical protein  33.87 
 
 		 310 aa  42.7  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.859516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0213  hypothetical protein  26.17 
 
 		 421 aa  42.7  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>