67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1199 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1199  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  100 
 
 		 328 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0624934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3131  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  75.08 
 
 		 330 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3034  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  71.25 
 
 		 333 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0770225 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1104  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  71.34 
 
 		 328 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1064  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  69.51 
 
 		 327 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2952  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  68.73 
 
 		 337 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501472  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0929  type IV pilus assembly protein PilW  64.83 
 
 		 324 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.902685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1059  type IV pilus assembly protein PilW  66.77 
 
 		 322 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1296  type IV pilus assembly protein PilW  67.72 
 
 		 326 aa  441  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.488119 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3230  hypothetical protein  66.77 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1126  type IV pilus assembly protein PilW  66.46 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1161  type IV pilus assembly protein PilW  66.14 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.873963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3527  hypothetical protein  66.14 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1088  type IV pilus assembly protein PilW  61.42 
 
 		 329 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2718  type IV pilus assembly protein PilW  62.26 
 
 		 323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2885  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  59.71 
 
 		 340 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.248204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1214  hypothetical protein  39.26 
 
 		 322 aa  217  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3227  hypothetical protein  28.9 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11850  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilW-like protein  27.11 
 
 		 395 aa  99  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.983551  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2157  hypothetical protein  26.52 
 
 		 346 aa  92.8  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000787973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2272  type IV pilus assembly protein PilW  25.48 
 
 		 342 aa  88.6  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2913  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  24.07 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5687  Type IV fimbrial biogenesis pilW-related transmembrane protein  24.49 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0089  pilin-like protein  32.7 
 
 		 357 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0726  hypothetical protein  25.81 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2677  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  24.71 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0402  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  26.26 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2837  putative type 4 fimbrial biogenesis PilW-related protein transmembrane  23.72 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01322  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  27.93 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421524  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1380  hypothetical protein  24.94 
 
 		 385 aa  67  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.175236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0212  type IV pilus assembly protein PilW  23.43 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.041624 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0781  transmembrane protein  21.98 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.903144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0813  hypothetical protein  32.63 
 
 		 235 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0868  Tfp pilus assembly protein PilW-like  42.42 
 
 		 429 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0553182  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0859  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  34.25 
 
 		 212 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0672  type IV pilus assembly protein PilW  24.87 
 
 		 344 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.573138 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0785  putative Tfp pilus assembly protein PilW  21.34 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.964306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0715  type IV pilus assembly protein PilW  28.93 
 
 		 344 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  26.06 
 
 		 343 aa  52  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2880  putative type 4 fimbrial biogenesis pilw-related protein transmembrane  22.37 
 
 		 391 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0717  type IV pilus assembly protein PilW  31.46 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2560  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  22.54 
 
 		 373 aa  49.7  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24572  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0190  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein precursor  35.29 
 
 		 242 aa  49.3  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.492835 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03025  pilin like competence factor  23.29 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.651646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2683  hypothetical protein  21.73 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.56779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0969  type IV pilin, putative  39.68 
 
 		 377 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1767  type IV pilus assembly protein PilW  26.21 
 
 		 418 aa  48.1  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.846676  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1084  hypothetical protein  39.68 
 
 		 377 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0667  hypothetical protein  24.49 
 
 		 355 aa  47.8  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3911  hypothetical protein  21 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0491  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  36.67 
 
 		 226 aa  47.8  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3038  hypothetical protein  41.27 
 
 		 332 aa  46.6  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0541316  normal  0.15459 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0684  hypothetical protein  24.49 
 
 		 355 aa  46.6  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2520  hypothetical protein  24.4 
 
 		 327 aa  46.2  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1705  hypothetical protein  32.74 
 
 		 418 aa  46.2  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0021  hypothetical protein  35.62 
 
 		 316 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0025  type IV pilus assembly protein PilW  35.82 
 
 		 316 aa  45.4  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0649  hypothetical protein  33.75 
 
 		 212 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.381902 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0769  hypothetical protein  22.05 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2883  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  39.73 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5192  type 4 fimbrial biogenesis protein PilW  34.29 
 
 		 274 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.25172  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3105  Tfp pilus assembly protein PilW-like protein  23.66 
 
 		 269 aa  44.3  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1698  hypothetical protein  22.15 
 
 		 299 aa  44.3  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.121021  hitchhiker  0.00778912 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1290  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.85 
 
 		 250 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.791156 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2907  type IV pilus assembly protein PilW  33.72 
 
 		 388 aa  43.1  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.952407 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0255  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  33.7 
 
 		 226 aa  43.1  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3553  putative transmembrane protein  22.74 
 
 		 349 aa  42.7  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>