173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0659 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 524 aa  1054    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  58.64 
 
 		 480 aa  543  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  49.71 
 
 		 514 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  42.88 
 
 		 511 aa  432  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  41.75 
 
 		 510 aa  398  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  40.99 
 
 		 517 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.34 
 
 		 530 aa  333  6e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  36.19 
 
 		 533 aa  324  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  33.86 
 
 		 527 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  34.81 
 
 		 518 aa  296  5e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  33.13 
 
 		 528 aa  296  7e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  34.54 
 
 		 503 aa  288  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  32.94 
 
 		 519 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  32.06 
 
 		 514 aa  276  8e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  32.83 
 
 		 510 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  26.99 
 
 		 532 aa  190  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.53 
 
 		 493 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  29.33 
 
 		 507 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  24.91 
 
 		 518 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  27.41 
 
 		 505 aa  166  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  26.26 
 
 		 490 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  25.99 
 
 		 537 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 507 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  28.23 
 
 		 507 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  23.82 
 
 		 499 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.09 
 
 		 499 aa  140  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  27.64 
 
 		 509 aa  140  7.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.79 
 
 		 489 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  27.16 
 
 		 505 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.27 
 
 		 499 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  24.67 
 
 		 521 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  25.98 
 
 		 500 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  26 
 
 		 502 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 778 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.44 
 
 		 480 aa  96.7  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.82 
 
 		 474 aa  95.5  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.33 
 
 		 512 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.18 
 
 		 520 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  22.99 
 
 		 737 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.11 
 
 		 520 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.22 
 
 		 575 aa  91.7  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  25.2 
 
 		 804 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.75 
 
 		 642 aa  89  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.89 
 
 		 643 aa  89.4  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.2 
 
 		 522 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.94 
 
 		 487 aa  87.8  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  22.2 
 
 		 519 aa  86.7  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.54 
 
 		 520 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.13 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  21.53 
 
 		 753 aa  80.9  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  22.36 
 
 		 509 aa  80.9  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  26.83 
 
 		 736 aa  79  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  22.83 
 
 		 475 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  24.41 
 
 		 806 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  23.75 
 
 		 499 aa  78.2  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  22.57 
 
 		 750 aa  77.4  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  22.89 
 
 		 727 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.63 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.53 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  23.56 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.74 
 
 		 653 aa  72.8  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  24.24 
 
 		 722 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  23.87 
 
 		 739 aa  70.5  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.62 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  23.87 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  22.64 
 
 		 662 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.82 
 
 		 720 aa  67  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  21.83 
 
 		 790 aa  66.6  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.2 
 
 		 601 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  22.44 
 
 		 662 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  23.16 
 
 		 753 aa  65.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.5 
 
 		 750 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  22.37 
 
 		 758 aa  64.3  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  19.96 
 
 		 756 aa  63.9  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.73 
 
 		 477 aa  63.5  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.17 
 
 		 456 aa  63.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  20.12 
 
 		 734 aa  61.6  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  22.02 
 
 		 758 aa  61.6  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.21 
 
 		 671 aa  61.2  0.00000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  22.16 
 
 		 755 aa  61.2  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  20.74 
 
 		 734 aa  60.5  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1925  protein-tyrosine kinase  23.1 
 
 		 801 aa  60.5  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.864288  normal  0.041415 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  24.43 
 
 		 741 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0240  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.03 
 
 		 760 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0345486 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4089  capsular exopolysaccharide family  21.25 
 
 		 759 aa  60.1  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.286783 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  22.85 
 
 		 710 aa  58.9  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  22.43 
 
 		 738 aa  58.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.31 
 
 		 759 aa  57.8  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0880  tyrosine-protein kinase  20.21 
 
 		 786 aa  57.4  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.107004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  27.33 
 
 		 753 aa  57  0.0000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  23.49 
 
 		 472 aa  56.6  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2359  capsular exopolysaccharide family  22.85 
 
 		 794 aa  55.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.682984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 		 519 aa  55.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 718 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3304  lipopolysaccharide biosynthesis  22.68 
 
 		 663 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  18.72 
 
 		 517 aa  54.7  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.35 
 
 		 721 aa  54.7  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  24.74 
 
 		 466 aa  53.9  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  22.08 
 
 		 508 aa  53.9  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  19.69 
 
 		 739 aa  53.5  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>