75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3388 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  100 
 
 		 508 aa  1001    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  41.31 
 
 		 517 aa  344  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.16 
 
 		 519 aa  204  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.88 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.87 
 
 		 522 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.48 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.26 
 
 		 520 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.53 
 
 		 520 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  27.2 
 
 		 488 aa  147  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  25.43 
 
 		 519 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.93 
 
 		 575 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  36.41 
 
 		 436 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  24.27 
 
 		 424 aa  101  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  22.35 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.76 
 
 		 530 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  20.72 
 
 		 499 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  20.67 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  20.59 
 
 		 499 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.79 
 
 		 507 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  22.78 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  24.15 
 
 		 514 aa  82  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.14 
 
 		 601 aa  81.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.81 
 
 		 519 aa  81.6  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.96 
 
 		 518 aa  79.7  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  22.01 
 
 		 528 aa  79.7  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  22.41 
 
 		 518 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  22.78 
 
 		 499 aa  75.1  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  26.25 
 
 		 509 aa  74.7  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.51 
 
 		 489 aa  74.3  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  23.93 
 
 		 475 aa  70.5  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  24.25 
 
 		 503 aa  70.5  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  23.76 
 
 		 500 aa  67.8  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  22.78 
 
 		 510 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  23.93 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.43 
 
 		 653 aa  62.4  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  20.05 
 
 		 533 aa  60.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  20.3 
 
 		 510 aa  59.3  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  21.49 
 
 		 511 aa  58.2  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  30.41 
 
 		 478 aa  57.4  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  21.47 
 
 		 388 aa  56.2  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  21.52 
 
 		 505 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  22.96 
 
 		 713 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  20.7 
 
 		 517 aa  55.5  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  22.31 
 
 		 507 aa  55.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  22.46 
 
 		 715 aa  53.5  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  21.03 
 
 		 532 aa  53.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  24.22 
 
 		 472 aa  53.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.74 
 
 		 790 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.96 
 
 		 642 aa  52.8  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.38 
 
 		 784 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  25.48 
 
 		 734 aa  51.2  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  31.71 
 
 		 472 aa  50.4  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  22.95 
 
 		 773 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 511 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.69 
 
 		 643 aa  49.7  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  21.5 
 
 		 502 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  23.89 
 
 		 662 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.48 
 
 		 480 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  21.87 
 
 		 507 aa  48.5  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.15 
 
 		 514 aa  48.1  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.99 
 
 		 475 aa  47.4  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  21.23 
 
 		 738 aa  47.4  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  23.78 
 
 		 662 aa  47  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  20.44 
 
 		 763 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  24.71 
 
 		 740 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3703  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.21 
 
 		 729 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000380193  normal  0.301221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  21.27 
 
 		 524 aa  46.6  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.43 
 
 		 422 aa  44.7  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.75 
 
 		 463 aa  44.7  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  26.97 
 
 		 731 aa  44.3  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.67 
 
 		 736 aa  43.9  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.61 
 
 		 493 aa  43.9  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2448  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.58 
 
 		 219 aa  43.5  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0667575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0194  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.36 
 
 		 575 aa  43.9  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.72 
 
 		 474 aa  43.5  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>