75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2407 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 601 aa  1187    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  27.23 
 
 		 519 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.92 
 
 		 522 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.8 
 
 		 512 aa  160  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.6 
 
 		 520 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.83 
 
 		 520 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.86 
 
 		 520 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  22.96 
 
 		 436 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  23.98 
 
 		 508 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  25.68 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  23.35 
 
 		 511 aa  101  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.94 
 
 		 514 aa  99.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.27 
 
 		 518 aa  98.2  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.54 
 
 		 507 aa  97.1  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  20.93 
 
 		 499 aa  93.2  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  25.59 
 
 		 503 aa  92  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.01 
 
 		 499 aa  92  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  21.79 
 
 		 500 aa  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  21.4 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  22.09 
 
 		 527 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.06 
 
 		 489 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  23.08 
 
 		 488 aa  84.7  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  22.75 
 
 		 510 aa  84.3  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  24.68 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.43 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.37 
 
 		 519 aa  82.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  21.68 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  23.44 
 
 		 514 aa  81.6  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  25.4 
 
 		 507 aa  80.9  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  22.37 
 
 		 424 aa  80.5  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  25.24 
 
 		 510 aa  80.1  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  20.97 
 
 		 490 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  19.54 
 
 		 518 aa  79  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  21.04 
 
 		 519 aa  77.4  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.78 
 
 		 511 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  21.95 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  22.8 
 
 		 502 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  20.18 
 
 		 532 aa  64.7  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.67 
 
 		 530 aa  64.7  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21 
 
 		 643 aa  63.5  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  21.82 
 
 		 499 aa  63.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.13 
 
 		 505 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  24.95 
 
 		 710 aa  61.2  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.61 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.79 
 
 		 642 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  21.27 
 
 		 533 aa  58.9  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  21.25 
 
 		 734 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.4 
 
 		 474 aa  56.2  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  21.13 
 
 		 517 aa  55.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  26.32 
 
 		 734 aa  54.7  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.96 
 
 		 711 aa  53.9  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  20.38 
 
 		 505 aa  53.5  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  21.07 
 
 		 507 aa  52.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.3 
 
 		 456 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.96 
 
 		 493 aa  52.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.29 
 
 		 455 aa  52  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3243  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.18 
 
 		 722 aa  50.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.64 
 
 		 770 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.61 
 
 		 456 aa  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  20.81 
 
 		 750 aa  47.8  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  21.15 
 
 		 445 aa  47.8  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  21.29 
 
 		 756 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  26.06 
 
 		 509 aa  46.2  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  22.56 
 
 		 773 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 		 731 aa  45.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  23.08 
 
 		 788 aa  45.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  31.51 
 
 		 804 aa  45.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  21.1 
 
 		 472 aa  44.7  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.31 
 
 		 671 aa  44.7  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  21.96 
 
 		 475 aa  44.7  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.95 
 
 		 784 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0452  chain length determinant protein  29.58 
 
 		 232 aa  43.9  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000687641  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  32.5 
 
 		 726 aa  43.9  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  21.43 
 
 		 734 aa  43.5  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>