286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1984 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  100 
 
 
490 aa  989    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  60.57 
 
 
499 aa  605  9.999999999999999e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  56.76 
 
 
499 aa  571  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  57.38 
 
 
499 aa  569  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.2 
 
 
507 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  38.6 
 
 
518 aa  365  1e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  41.6 
 
 
489 aa  327  3e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  40 
 
 
502 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  36.45 
 
 
500 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  39.5 
 
 
480 aa  265  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  26.87 
 
 
511 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  26.09 
 
 
514 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  25.9 
 
 
510 aa  158  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  27.91 
 
 
519 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.88 
 
 
530 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  26.51 
 
 
524 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  22.37 
 
 
527 aa  144  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.14 
 
 
520 aa  144  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  23.35 
 
 
519 aa  140  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  24.18 
 
 
505 aa  140  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  24.56 
 
 
517 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  30.13 
 
 
480 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  24.88 
 
 
533 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  24.8 
 
 
507 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  22.6 
 
 
528 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.48 
 
 
518 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  24.14 
 
 
514 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  26.79 
 
 
804 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  25.87 
 
 
503 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  25.54 
 
 
510 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  26.79 
 
 
790 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.17 
 
 
512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 
520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  26.21 
 
 
806 aa  108  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.71 
 
 
520 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.28 
 
 
493 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.9 
 
 
474 aa  103  8e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.48 
 
 
522 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.46 
 
 
519 aa  98.6  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  24.9 
 
 
475 aa  97.8  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 
575 aa  96.7  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  23.32 
 
 
532 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.48 
 
 
487 aa  95.1  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  22.5 
 
 
508 aa  93.6  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.66 
 
 
872 aa  92.8  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  21.67 
 
 
521 aa  91.3  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  21.84 
 
 
505 aa  89.7  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  21.98 
 
 
737 aa  88.2  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  24.31 
 
 
734 aa  86.7  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 
477 aa  86.7  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.52 
 
 
477 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  23.68 
 
 
461 aa  85.5  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  24.06 
 
 
726 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4243  exopolysaccharide transport protein family  26.49 
 
 
757 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.156652 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  23.39 
 
 
779 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  23.11 
 
 
509 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  22.04 
 
 
711 aa  83.6  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.23 
 
 
736 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  23.38 
 
 
469 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  24.41 
 
 
445 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  24.75 
 
 
734 aa  82  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  22.44 
 
 
517 aa  81.6  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  23.7 
 
 
466 aa  81.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  22.38 
 
 
731 aa  81.3  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.6 
 
 
720 aa  80.9  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  22.25 
 
 
472 aa  80.9  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  24.94 
 
 
727 aa  80.1  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  22.95 
 
 
756 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2359  capsular exopolysaccharide family  22.69 
 
 
794 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.682984  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.77 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  26.65 
 
 
820 aa  78.2  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.86 
 
 
463 aa  77  0.0000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  21.31 
 
 
720 aa  76.3  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1726  exopolysaccharide transporter  22.8 
 
 
746 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0320019  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  23.78 
 
 
710 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  22.29 
 
 
731 aa  75.1  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  19.52 
 
 
499 aa  74.7  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 
642 aa  74.3  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  20.99 
 
 
507 aa  73.9  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  21.09 
 
 
740 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.37 
 
 
643 aa  73.6  0.000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1086  exopolysaccharide transporter  24.93 
 
 
734 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111926  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  22.55 
 
 
472 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  21.69 
 
 
732 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  23.3 
 
 
739 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  31.36 
 
 
750 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  21.99 
 
 
726 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1689  exopolysaccharide transport protein family  20.96 
 
 
744 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149353  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  24.85 
 
 
772 aa  71.2  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.13 
 
 
741 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  21.13 
 
 
741 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  21.13 
 
 
741 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  23.55 
 
 
747 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.11 
 
 
741 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  22.89 
 
 
739 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  22.89 
 
 
739 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  22.59 
 
 
739 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3220  exopolysaccharide transport family protein  22.04 
 
 
746 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  21.13 
 
 
741 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3271  EpsB  22.04 
 
 
746 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>