142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1169 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 527 aa  1067    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  50.96 
 
 		 519 aa  555  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  44.64 
 
 		 528 aa  462  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  34.17 
 
 		 511 aa  348  2e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  38.46 
 
 		 514 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  36.63 
 
 		 510 aa  332  8e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  37.22 
 
 		 533 aa  331  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  35.77 
 
 		 518 aa  326  5e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.38 
 
 		 530 aa  325  9e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  37.75 
 
 		 503 aa  323  6e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  35.14 
 
 		 514 aa  313  4.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  33.86 
 
 		 524 aa  289  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  36.13 
 
 		 480 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  33.01 
 
 		 510 aa  285  2.0000000000000002e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  31.52 
 
 		 532 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  29.45 
 
 		 517 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.38 
 
 		 493 aa  208  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  25.81 
 
 		 507 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  26.15 
 
 		 505 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  25.05 
 
 		 507 aa  154  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  23.75 
 
 		 537 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.24 
 
 		 499 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.44 
 
 		 499 aa  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  23.14 
 
 		 499 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  25.26 
 
 		 505 aa  143  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  22.37 
 
 		 490 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  22.8 
 
 		 518 aa  136  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.02 
 
 		 507 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  23.77 
 
 		 521 aa  128  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  24.57 
 
 		 509 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.39 
 
 		 489 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  23.16 
 
 		 499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.1 
 
 		 474 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.37 
 
 		 512 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  24.75 
 
 		 502 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  22.77 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.81 
 
 		 480 aa  109  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.56 
 
 		 520 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.75 
 
 		 520 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  24.94 
 
 		 475 aa  101  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.98 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.06 
 
 		 778 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  21.53 
 
 		 517 aa  95.1  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  23.46 
 
 		 457 aa  94.4  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  20 
 
 		 750 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  21.06 
 
 		 519 aa  91.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.81 
 
 		 642 aa  90.1  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  22.35 
 
 		 508 aa  89  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.44 
 
 		 643 aa  85.5  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 		 575 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.18 
 
 		 520 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.18 
 
 		 734 aa  77.8  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.93 
 
 		 463 aa  77.4  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  21.33 
 
 		 738 aa  75.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.52 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  22.25 
 
 		 806 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  21.84 
 
 		 509 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.9 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  21.77 
 
 		 487 aa  72  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4089  capsular exopolysaccharide family  31.43 
 
 		 759 aa  71.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.286783 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  21.63 
 
 		 742 aa  71.2  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  22.25 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.38 
 
 		 601 aa  70.5  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  20.78 
 
 		 804 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  22.41 
 
 		 756 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.38 
 
 		 720 aa  68.6  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  20.52 
 
 		 722 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.84 
 
 		 456 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.96 
 
 		 477 aa  66.6  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  19.96 
 
 		 736 aa  66.2  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.06 
 
 		 475 aa  65.1  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  21.67 
 
 		 711 aa  64.7  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  20.26 
 
 		 727 aa  64.3  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1087  capsular exopolysaccharide family  24.44 
 
 		 763 aa  63.9  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0136543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.81 
 
 		 653 aa  63.9  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  19.41 
 
 		 753 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  21.74 
 
 		 727 aa  63.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.95 
 
 		 671 aa  62.4  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.21 
 
 		 519 aa  62.4  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.31 
 
 		 477 aa  60.8  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0065  capsular exopolysaccharide family  19.85 
 
 		 795 aa  60.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0240  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.77 
 
 		 760 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0345486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  22.58 
 
 		 734 aa  59.7  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.53 
 
 		 755 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2908  lipopolysaccharide biosynthesis  22.57 
 
 		 727 aa  58.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198552 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  21.37 
 
 		 726 aa  58.2  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  22.46 
 
 		 747 aa  57.4  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  21.75 
 
 		 720 aa  57  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  21.54 
 
 		 767 aa  56.2  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  23.03 
 
 		 527 aa  55.1  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2688  lipopolysaccharide biosynthesis  22.29 
 
 		 731 aa  54.7  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0256055 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  20.05 
 
 		 731 aa  54.7  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  21.92 
 
 		 709 aa  53.9  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.25 
 
 		 753 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  22.28 
 
 		 770 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  19.76 
 
 		 488 aa  53.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.27 
 
 		 774 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  20.16 
 
 		 730 aa  51.2  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  21.96 
 
 		 756 aa  50.8  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  19.51 
 
 		 739 aa  50.8  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>