114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3127 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 512 aa  1025    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  99.02 
 
 		 520 aa  1014    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  94.92 
 
 		 520 aa  935    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  80.58 
 
 		 522 aa  795    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  34.54 
 
 		 519 aa  263  6e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.04 
 
 		 520 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.17 
 
 		 575 aa  243  6e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  33.47 
 
 		 436 aa  186  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  26.48 
 
 		 508 aa  167  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.56 
 
 		 519 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  29.18 
 
 		 488 aa  150  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  27.51 
 
 		 517 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.64 
 
 		 530 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.1 
 
 		 499 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  21.48 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.8 
 
 		 499 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 		 601 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.61 
 
 		 507 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  23.66 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  25.37 
 
 		 527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.88 
 
 		 489 aa  118  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  24.44 
 
 		 503 aa  117  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  21.98 
 
 		 499 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.09 
 
 		 518 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  23.26 
 
 		 511 aa  113  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.48 
 
 		 514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  24.02 
 
 		 514 aa  110  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  23.95 
 
 		 490 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.54 
 
 		 519 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  24.27 
 
 		 517 aa  103  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  23.87 
 
 		 502 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  24.27 
 
 		 510 aa  99.8  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  23.95 
 
 		 500 aa  99.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  22.93 
 
 		 532 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.04 
 
 		 474 aa  96.3  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.55 
 
 		 804 aa  90.5  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  22.3 
 
 		 480 aa  90.1  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  25.11 
 
 		 505 aa  88.2  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  23.52 
 
 		 507 aa  88.2  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  23.61 
 
 		 524 aa  87.8  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.64 
 
 		 455 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  20.32 
 
 		 533 aa  84  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  20.72 
 
 		 528 aa  84  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.4 
 
 		 480 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.49 
 
 		 493 aa  82  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.79 
 
 		 456 aa  81.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  23.08 
 
 		 505 aa  81.3  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  22.41 
 
 		 806 aa  80.1  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  22.29 
 
 		 507 aa  79  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  25.98 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  24.29 
 
 		 509 aa  74.3  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  25.05 
 
 		 475 aa  74.3  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.79 
 
 		 456 aa  73.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 642 aa  70.5  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.18 
 
 		 511 aa  70.1  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  23.12 
 
 		 790 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.91 
 
 		 643 aa  67.8  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.47 
 
 		 487 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.58 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  22.49 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.43 
 
 		 653 aa  64.7  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  20 
 
 		 521 aa  63.9  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.47 
 
 		 671 aa  62.8  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.54 
 
 		 720 aa  63.2  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  20.88 
 
 		 739 aa  60.8  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  21.94 
 
 		 741 aa  60.1  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  21.63 
 
 		 803 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 		 738 aa  57.4  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  21.21 
 
 		 814 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.350341  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  20.56 
 
 		 499 aa  55.5  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.19 
 
 		 477 aa  52.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.08 
 
 		 756 aa  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  28.97 
 
 		 734 aa  52.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  21.21 
 
 		 753 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22890  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.05 
 
 		 380 aa  52.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1775  capsular exopolysaccharide family  20.93 
 
 		 803 aa  52  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00109135  normal  0.0290835 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1116  lipopolysaccharide biosynthesis  23.99 
 
 		 741 aa  50.8  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0704492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2632  non-specific protein-tyrosine kinase  21.6 
 
 		 745 aa  50.4  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.405291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  21.33 
 
 		 756 aa  50.4  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4516  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.66 
 
 		 740 aa  50.4  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265427  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  24.58 
 
 		 710 aa  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.5 
 
 		 477 aa  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  20.11 
 
 		 747 aa  49.7  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3891  capsular exopolysaccharide family  19.48 
 
 		 802 aa  48.9  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.6 
 
 		 778 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.19 
 
 		 755 aa  48.5  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  19.48 
 
 		 472 aa  48.5  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  20.66 
 
 		 731 aa  48.1  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.52 
 
 		 756 aa  47.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  19.61 
 
 		 731 aa  47.8  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.2 
 
 		 737 aa  47.4  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  20.93 
 
 		 537 aa  47.4  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 		 749 aa  47.4  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  20.24 
 
 		 734 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2661  hypothetical protein  20.9 
 
 		 684 aa  46.6  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.710156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6733  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.72 
 
 		 800 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  25.6 
 
 		 472 aa  45.4  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  20.13 
 
 		 457 aa  45.4  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  20.18 
 
 		 469 aa  45.4  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0800  hypothetical protein  27.78 
 
 		 721 aa  45.1  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>