185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2661 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  66.15 
 
 
715 aa  935    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 
773 aa  1531    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  75.14 
 
 
742 aa  971    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  82.19 
 
 
769 aa  1200    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  66.36 
 
 
713 aa  931    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  62.42 
 
 
763 aa  907    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73 
 
 
784 aa  1056    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.78 
 
 
774 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.22 
 
 
737 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.81 
 
 
766 aa  405  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.42 
 
 
804 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.28 
 
 
804 aa  379  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  35.55 
 
 
735 aa  352  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  46.75 
 
 
759 aa  351  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  33.76 
 
 
709 aa  328  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  32.83 
 
 
747 aa  327  5e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  35.92 
 
 
720 aa  327  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.64 
 
 
726 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.33 
 
 
724 aa  291  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  34.19 
 
 
738 aa  283  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.23 
 
 
734 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  29.75 
 
 
758 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.44 
 
 
748 aa  169  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  31.97 
 
 
756 aa  168  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  27.62 
 
 
758 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  26.14 
 
 
756 aa  164  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  27.96 
 
 
688 aa  159  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.05 
 
 
491 aa  153  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.93 
 
 
745 aa  150  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.33 
 
 
701 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.21 
 
 
739 aa  145  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  26 
 
 
772 aa  144  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  29.06 
 
 
788 aa  143  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  25.51 
 
 
750 aa  138  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  26.97 
 
 
753 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  24.59 
 
 
782 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  29.17 
 
 
687 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.83 
 
 
696 aa  131  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  24.92 
 
 
743 aa  130  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  27.63 
 
 
764 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  22.94 
 
 
756 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.87 
 
 
756 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.74 
 
 
751 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.38 
 
 
537 aa  128  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  27.78 
 
 
711 aa  122  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  25.1 
 
 
778 aa  122  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.67 
 
 
750 aa  121  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  29.44 
 
 
779 aa  120  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.88 
 
 
764 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  27.12 
 
 
776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.47 
 
 
707 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  25.11 
 
 
710 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.21 
 
 
707 aa  115  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  28.97 
 
 
515 aa  108  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.95 
 
 
872 aa  108  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.47 
 
 
704 aa  108  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  24.09 
 
 
797 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.54 
 
 
737 aa  104  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.14 
 
 
726 aa  104  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.3 
 
 
759 aa  104  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  22.77 
 
 
731 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  23.37 
 
 
753 aa  102  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.94 
 
 
755 aa  102  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.87 
 
 
491 aa  101  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.94 
 
 
478 aa  101  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  24.28 
 
 
729 aa  100  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.87 
 
 
737 aa  100  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 
595 aa  100  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  22.58 
 
 
779 aa  100  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 
718 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  25.54 
 
 
472 aa  98.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  25.61 
 
 
790 aa  97.4  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  24.47 
 
 
730 aa  96.7  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.14 
 
 
731 aa  96.3  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  23.09 
 
 
770 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.91 
 
 
749 aa  94  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  26.5 
 
 
572 aa  90.9  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  25.24 
 
 
772 aa  90.9  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  27.23 
 
 
572 aa  90.1  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  23.92 
 
 
771 aa  89.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  23.92 
 
 
789 aa  89  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.3 
 
 
467 aa  88.6  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  23.7 
 
 
466 aa  88.2  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  24.15 
 
 
733 aa  87.8  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.18 
 
 
548 aa  87.8  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.88 
 
 
721 aa  86.7  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.54 
 
 
730 aa  85.1  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.4 
 
 
789 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  23.74 
 
 
466 aa  84  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  24.05 
 
 
461 aa  83.6  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.39 
 
 
737 aa  83.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.87 
 
 
537 aa  82.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 
738 aa  79.7  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.17 
 
 
776 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.93 
 
 
785 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  24.52 
 
 
472 aa  78.2  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6236  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.72 
 
 
735 aa  75.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573901  normal  0.403128 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.22 
 
 
745 aa  75.5  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  22.72 
 
 
727 aa  75.1  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4129  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.4 
 
 
734 aa  74.3  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.62537 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>