37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0846 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 488 aa  965    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  27.2 
 
 		 508 aa  147  6e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.12 
 
 		 512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  26.71 
 
 		 424 aa  139  7.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.57 
 
 		 520 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.37 
 
 		 522 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.69 
 
 		 520 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.54 
 
 		 519 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  26.17 
 
 		 517 aa  103  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  24.11 
 
 		 519 aa  94.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.56 
 
 		 520 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  23.91 
 
 		 507 aa  77.8  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  23.73 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.14 
 
 		 575 aa  69.7  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  21.26 
 
 		 708 aa  58.9  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.08 
 
 		 601 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  22.37 
 
 		 514 aa  57.4  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  24.36 
 
 		 503 aa  57  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  19.76 
 
 		 527 aa  53.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 467 aa  50.4  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  23.81 
 
 		 738 aa  50.8  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  18.42 
 
 		 518 aa  50.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  21.28 
 
 		 466 aa  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.74 
 
 		 518 aa  49.7  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.71 
 
 		 507 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.44 
 
 		 463 aa  48.9  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.75 
 
 		 530 aa  48.9  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.59 
 
 		 455 aa  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  20 
 
 		 519 aa  47.4  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1429  chain length determinant protein  24.02 
 
 		 706 aa  46.6  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  19.62 
 
 		 528 aa  45.8  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.3 
 
 		 474 aa  45.1  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  24.25 
 
 		 475 aa  44.3  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1597  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  28.22 
 
 		 739 aa  43.5  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  24.51 
 
 		 469 aa  43.5  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  25.16 
 
 		 763 aa  43.5  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0240  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 		 760 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0345486 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>