85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4786 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 519 aa  1025    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  33.79 
 
 		 517 aa  233  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  32.16 
 
 		 508 aa  231  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.52 
 
 		 522 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.25 
 
 		 520 aa  179  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.43 
 
 		 512 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.39 
 
 		 520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.68 
 
 		 520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  27.44 
 
 		 488 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  25.77 
 
 		 519 aa  130  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.55 
 
 		 575 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  34.02 
 
 		 436 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.29 
 
 		 499 aa  108  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  22.02 
 
 		 499 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.52 
 
 		 499 aa  106  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  22.92 
 
 		 490 aa  97.4  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.72 
 
 		 489 aa  92.4  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.46 
 
 		 530 aa  91.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.2 
 
 		 507 aa  91.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  28.07 
 
 		 424 aa  87.4  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  24.53 
 
 		 514 aa  84  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  22.76 
 
 		 503 aa  81.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  20.74 
 
 		 518 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.74 
 
 		 601 aa  75.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  22.93 
 
 		 510 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.34 
 
 		 518 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  21.36 
 
 		 511 aa  71.2  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  23.75 
 
 		 469 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  21.75 
 
 		 742 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  20.69 
 
 		 519 aa  69.3  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.08 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  18.8 
 
 		 527 aa  65.1  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  21.22 
 
 		 533 aa  64.3  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  22.22 
 
 		 713 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.43 
 
 		 455 aa  62.4  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  22.83 
 
 		 715 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  21.97 
 
 		 806 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  24.07 
 
 		 509 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  23.03 
 
 		 773 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  26.69 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.99 
 
 		 514 aa  59.3  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  18.44 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  21.72 
 
 		 510 aa  57  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 642 aa  57  0.0000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.87 
 
 		 456 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.55 
 
 		 643 aa  55.8  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  24.37 
 
 		 466 aa  55.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.22 
 
 		 653 aa  55.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.65 
 
 		 734 aa  54.7  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  20.16 
 
 		 500 aa  53.5  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.36 
 
 		 724 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.46 
 
 		 747 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  24.11 
 
 		 734 aa  52.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  22.08 
 
 		 742 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.68 
 
 		 524 aa  52.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4516  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.72 
 
 		 740 aa  51.6  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265427  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.38 
 
 		 474 aa  51.6  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.27 
 
 		 493 aa  51.2  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  24.22 
 
 		 722 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1363  lipopolysaccharide biosynthesis  23.78 
 
 		 464 aa  51.2  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000148306  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  23.44 
 
 		 517 aa  50.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4089  capsular exopolysaccharide family  22.29 
 
 		 759 aa  50.4  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.286783 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  21.11 
 
 		 502 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.69 
 
 		 804 aa  50.4  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  22.64 
 
 		 507 aa  50.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  22.71 
 
 		 475 aa  49.7  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 		 422 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  23.89 
 
 		 505 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  23.65 
 
 		 480 aa  48.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.63 
 
 		 784 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2632  non-specific protein-tyrosine kinase  22.99 
 
 		 745 aa  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.405291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.05 
 
 		 720 aa  47.4  0.0006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.12 
 
 		 726 aa  47.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  21.61 
 
 		 738 aa  47.4  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  20.61 
 
 		 872 aa  47  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.21 
 
 		 511 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1069  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.1 
 
 		 230 aa  45.8  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.62909  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  26.35 
 
 		 472 aa  44.7  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  23.64 
 
 		 753 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  24.29 
 
 		 507 aa  44.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.42 
 
 		 766 aa  44.3  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  20.35 
 
 		 750 aa  44.7  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  20.9 
 
 		 521 aa  44.3  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3001  lipopolysaccharide biosynthesis  20.29 
 
 		 234 aa  44.3  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3703  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.24 
 
 		 729 aa  43.9  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000380193  normal  0.301221 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>