185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2580 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  62.11 
 
 		 519 aa  656    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 520 aa  1061    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.97 
 
 		 575 aa  280  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.26 
 
 		 520 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.62 
 
 		 512 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.77 
 
 		 522 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.66 
 
 		 520 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  25.15 
 
 		 508 aa  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  27.34 
 
 		 499 aa  150  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  26.56 
 
 		 499 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  26.27 
 
 		 490 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  24.12 
 
 		 518 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.37 
 
 		 601 aa  147  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  25.1 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.71 
 
 		 519 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  26.57 
 
 		 436 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.29 
 
 		 507 aa  127  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  22.09 
 
 		 511 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  22.62 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  23.51 
 
 		 502 aa  108  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  22.9 
 
 		 500 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.44 
 
 		 489 aa  107  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  23.28 
 
 		 517 aa  106  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.45 
 
 		 480 aa  104  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.62 
 
 		 514 aa  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 493 aa  103  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.63 
 
 		 505 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.19 
 
 		 530 aa  99  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.54 
 
 		 518 aa  97.1  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  21.25 
 
 		 480 aa  97.1  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  20.24 
 
 		 532 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  22.29 
 
 		 488 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.44 
 
 		 736 aa  93.6  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 474 aa  93.6  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  21.16 
 
 		 503 aa  89  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  22.66 
 
 		 507 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  21.78 
 
 		 519 aa  88.2  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  20.08 
 
 		 517 aa  88.2  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.18 
 
 		 750 aa  87  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  26.38 
 
 		 804 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  21.37 
 
 		 514 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  22.09 
 
 		 510 aa  85.5  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  20.78 
 
 		 528 aa  85.1  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  21.03 
 
 		 524 aa  84  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.37 
 
 		 455 aa  80.9  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  21.34 
 
 		 499 aa  80.5  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.29 
 
 		 753 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  21.34 
 
 		 741 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  19.6 
 
 		 527 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.18 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  23.08 
 
 		 743 aa  76.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.49 
 
 		 734 aa  76.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.43 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.76 
 
 		 467 aa  73.9  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  21.07 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  23.9 
 
 		 790 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  21.22 
 
 		 507 aa  73.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  21.37 
 
 		 742 aa  70.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  22.55 
 
 		 466 aa  70.5  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  24.25 
 
 		 756 aa  70.1  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  19.72 
 
 		 521 aa  69.3  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 671 aa  69.3  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  20.53 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  22.54 
 
 		 797 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.65 
 
 		 653 aa  67.4  0.0000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1116  lipopolysaccharide biosynthesis  22.9 
 
 		 741 aa  67  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0704492 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  23.35 
 
 		 711 aa  67  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  21.11 
 
 		 753 aa  67  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0945  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.77 
 
 		 625 aa  66.6  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  19.88 
 
 		 487 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  21.15 
 
 		 722 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  21.08 
 
 		 806 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  20.22 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.94 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  21.31 
 
 		 509 aa  65.1  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  19.4 
 
 		 537 aa  64.7  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4573  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.38 
 
 		 662 aa  64.3  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  21.43 
 
 		 727 aa  63.9  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  22.69 
 
 		 475 aa  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  20.79 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  21.23 
 
 		 739 aa  63.9  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  20.5 
 
 		 734 aa  63.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  20.71 
 
 		 505 aa  63.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3125  capsular exopolysaccharide family protein  21.34 
 
 		 743 aa  61.6  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.858566  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  21.38 
 
 		 737 aa  61.2  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  24.32 
 
 		 767 aa  60.8  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  19.58 
 
 		 472 aa  60.5  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  21.25 
 
 		 789 aa  60.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  20.87 
 
 		 727 aa  60.5  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1087  capsular exopolysaccharide family  21.43 
 
 		 763 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0136543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  19.07 
 
 		 733 aa  59.7  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  22.42 
 
 		 662 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  20.88 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  22.42 
 
 		 662 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0726  capsular exopolysaccharide family  23.03 
 
 		 783 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  22.73 
 
 		 771 aa  58.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1726  exopolysaccharide transporter  21.24 
 
 		 746 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0320019  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  21.72 
 
 		 872 aa  58.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  22.73 
 
 		 789 aa  58.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  23.05 
 
 		 509 aa  57.8  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>