120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2347 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 426 aa  846    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1712  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  29.22 
 
 		 435 aa  156  7e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.661952  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  23.28 
 
 		 445 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2274  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.94 
 
 		 315 aa  90.1  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.302253  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3388  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.03 
 
 		 247 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1126  capsular exopolysaccharide family  20.51 
 
 		 790 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0796389  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.65 
 
 		 474 aa  71.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  23.43 
 
 		 767 aa  70.1  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3275  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.68 
 
 		 247 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000161203  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 		 671 aa  68.2  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4108  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.66 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00201794 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.7 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  24.18 
 
 		 790 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.27 
 
 		 734 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  21.28 
 
 		 797 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  21.12 
 
 		 803 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  23.68 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.61 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.42 
 
 		 642 aa  61.2  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 759 aa  60.8  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3001  lipopolysaccharide biosynthesis  28.4 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  24.05 
 
 		 721 aa  59.7  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22890  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.02 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  21.28 
 
 		 753 aa  58.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  19.17 
 
 		 804 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  20.3 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 643 aa  58.5  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  22.63 
 
 		 737 aa  58.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  21.56 
 
 		 487 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  20.68 
 
 		 731 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1775  capsular exopolysaccharide family  21.1 
 
 		 803 aa  57.8  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00109135  normal  0.0290835 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  20.89 
 
 		 708 aa  56.2  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1363  lipopolysaccharide biosynthesis  29.73 
 
 		 464 aa  56.2  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000148306  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  20.83 
 
 		 466 aa  56.2  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 467 aa  56.2  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  21.97 
 
 		 726 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4959  chain length regulator (capsular polysaccharide biosynthesis)  25.16 
 
 		 247 aa  54.7  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000799386  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0956  lipopolysaccharide biosynthesis  27.33 
 
 		 466 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.296448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  20.52 
 
 		 727 aa  55.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2236  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.57 
 
 		 227 aa  54.7  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  22.01 
 
 		 472 aa  55.1  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5452  chain length regulator  26.92 
 
 		 247 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00443539  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22870  hypothetical protein  27.61 
 
 		 199 aa  54.7  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.1 
 
 		 463 aa  54.3  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5553  capsular polysaccharide biosynthesis  25.16 
 
 		 247 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000105771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  22.17 
 
 		 518 aa  52.4  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5397  capsular polysaccharide biosynthesis  26.78 
 
 		 247 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00227623  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2854  capsular exopolysaccharide family  26.83 
 
 		 525 aa  52.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  19.52 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2652  lipopolysaccharide biosynthesis  28.19 
 
 		 222 aa  51.6  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 653 aa  52.4  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5074  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.87 
 
 		 247 aa  51.2  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1906  capsular exopolysaccharide family  20.18 
 
 		 795 aa  50.4  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  21.43 
 
 		 750 aa  50.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  22.67 
 
 		 505 aa  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0038  capsular exopolysaccharide family  29.34 
 
 		 474 aa  49.3  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.956003  normal  0.120075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  18.69 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  19.24 
 
 		 788 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3557  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21 
 
 		 710 aa  49.7  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5399  chain length determinant protein  26.71 
 
 		 247 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0873019  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  20.79 
 
 		 511 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  22.25 
 
 		 723 aa  48.9  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.37 
 
 		 507 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  19.95 
 
 		 461 aa  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.93 
 
 		 491 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  21.14 
 
 		 758 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  25.68 
 
 		 742 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  19.1 
 
 		 720 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0964  lipopolysaccharide biosynthesis  22.64 
 
 		 497 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.722103  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.2 
 
 		 737 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  19.63 
 
 		 782 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3243  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.08 
 
 		 722 aa  47  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966104 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  26.28 
 
 		 756 aa  47  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0587  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.83 
 
 		 710 aa  47  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1353  non-specific protein-tyrosine kinase  28.21 
 
 		 624 aa  47  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.96 
 
 		 730 aa  46.6  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.48 
 
 		 477 aa  46.6  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  27.63 
 
 		 747 aa  46.6  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  19.96 
 
 		 770 aa  46.6  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.36 
 
 		 730 aa  46.2  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  24.16 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  21.63 
 
 		 469 aa  46.2  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  18.12 
 
 		 731 aa  46.6  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  20.57 
 
 		 755 aa  46.2  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  21.9 
 
 		 499 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2701  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.5 
 
 		 751 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.431033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  23.58 
 
 		 734 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2688  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.11 
 
 		 220 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2745  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.11 
 
 		 220 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  22.87 
 
 		 320 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2887  capsular exopolysaccharide family  24.82 
 
 		 438 aa  46.2  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.93 
 
 		 395 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3415  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.5 
 
 		 751 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3891  capsular exopolysaccharide family  22.49 
 
 		 802 aa  45.8  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2026  hypothetical protein  25.69 
 
 		 178 aa  45.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  42 
 
 		 740 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  20.19 
 
 		 732 aa  45.8  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 422 aa  45.8  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  19.91 
 
 		 747 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1087  capsular exopolysaccharide family  17.39 
 
 		 763 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0136543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>