97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2728 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  94.92 
 
 		 512 aa  935    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  81.03 
 
 		 522 aa  822    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 520 aa  1046    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  95.19 
 
 		 520 aa  954    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  34.16 
 
 		 519 aa  264  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.21 
 
 		 520 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.52 
 
 		 575 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  33.01 
 
 		 436 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  25.88 
 
 		 508 aa  170  6e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.87 
 
 		 519 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  27.53 
 
 		 517 aa  155  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  29.41 
 
 		 488 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.16 
 
 		 530 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.46 
 
 		 499 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  21.09 
 
 		 518 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.23 
 
 		 601 aa  130  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.86 
 
 		 499 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.53 
 
 		 507 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  22.41 
 
 		 510 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  25 
 
 		 527 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.1 
 
 		 489 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  24.44 
 
 		 503 aa  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  23.15 
 
 		 511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.89 
 
 		 514 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  20.96 
 
 		 499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  25.52 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.32 
 
 		 518 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.54 
 
 		 519 aa  107  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  23.33 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  23.41 
 
 		 514 aa  103  9e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  24.15 
 
 		 502 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  24.14 
 
 		 532 aa  96.7  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  24.25 
 
 		 500 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  25.18 
 
 		 507 aa  94  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  25.63 
 
 		 505 aa  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.97 
 
 		 455 aa  91.3  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 		 474 aa  90.9  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  24.47 
 
 		 510 aa  91.3  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  21.81 
 
 		 480 aa  87  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.67 
 
 		 804 aa  87  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  21.74 
 
 		 533 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.41 
 
 		 505 aa  84  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  22.88 
 
 		 806 aa  83.6  0.000000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  20.76 
 
 		 528 aa  81.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.99 
 
 		 524 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  26.77 
 
 		 424 aa  78.2  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.11 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.53 
 
 		 480 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.64 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.01 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  22.44 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.17 
 
 		 642 aa  71.2  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  21.93 
 
 		 507 aa  70.9  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.45 
 
 		 643 aa  68.9  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.21 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  20.42 
 
 		 521 aa  67  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.31 
 
 		 487 aa  67  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.83 
 
 		 511 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.62 
 
 		 671 aa  65.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.73 
 
 		 475 aa  64.3  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.54 
 
 		 790 aa  63.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  23.01 
 
 		 509 aa  62.8  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.11 
 
 		 720 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.83 
 
 		 653 aa  61.2  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.43 
 
 		 755 aa  53.5  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  20.64 
 
 		 499 aa  53.5  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 477 aa  52.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  20.56 
 
 		 739 aa  53.1  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  21.81 
 
 		 741 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  21.86 
 
 		 756 aa  50.8  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.15 
 
 		 749 aa  50.8  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  23.01 
 
 		 710 aa  50.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  19.92 
 
 		 750 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  22.11 
 
 		 756 aa  50.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  21.49 
 
 		 731 aa  49.7  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  20.42 
 
 		 537 aa  48.9  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  28.04 
 
 		 734 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  20.71 
 
 		 738 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  27.32 
 
 		 472 aa  48.5  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22890  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.77 
 
 		 380 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.26 
 
 		 737 aa  47  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  18.87 
 
 		 814 aa  47  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.350341  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.7 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2533  protein-tyrosine kinase  21.79 
 
 		 802 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.152743 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  26.53 
 
 		 747 aa  45.8  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  20.79 
 
 		 753 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  22.78 
 
 		 722 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.63 
 
 		 778 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0800  hypothetical protein  28.72 
 
 		 721 aa  45.1  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4516  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 740 aa  45.4  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265427  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1087  capsular exopolysaccharide family  23.58 
 
 		 763 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0136543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2632  non-specific protein-tyrosine kinase  21.26 
 
 		 745 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.405291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.12 
 
 		 756 aa  43.9  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  19.62 
 
 		 469 aa  43.9  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  19.17 
 
 		 743 aa  43.5  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0587  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.28 
 
 		 710 aa  43.5  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  20.12 
 
 		 803 aa  43.5  0.01  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>