133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3118 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 
532 aa  1081    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  34.93 
 
 
528 aa  305  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  32.3 
 
 
527 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  32.35 
 
 
511 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.07 
 
 
530 aa  269  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  30.51 
 
 
519 aa  261  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  32.77 
 
 
533 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  31.4 
 
 
518 aa  247  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  32.02 
 
 
514 aa  246  9e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  32.12 
 
 
503 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  30.63 
 
 
514 aa  236  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  30.74 
 
 
510 aa  230  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.46 
 
 
493 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  30.56 
 
 
510 aa  215  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  27.92 
 
 
517 aa  213  7.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  27.12 
 
 
524 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  30.17 
 
 
480 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  30.33 
 
 
505 aa  196  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  27.34 
 
 
507 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  26.72 
 
 
509 aa  160  6e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  24.86 
 
 
537 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  25.95 
 
 
505 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  26.03 
 
 
507 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  22.91 
 
 
499 aa  127  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  23.79 
 
 
518 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.01 
 
 
507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  25.23 
 
 
521 aa  118  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.92 
 
 
499 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  23.44 
 
 
499 aa  113  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  22.65 
 
 
490 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 
522 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.98 
 
 
512 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.43 
 
 
487 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 
520 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.36 
 
 
499 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.68 
 
 
489 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.09 
 
 
520 aa  102  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.79 
 
 
520 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.91 
 
 
474 aa  100  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.83 
 
 
575 aa  100  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  23.3 
 
 
519 aa  99  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  24.6 
 
 
502 aa  97.8  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  23.63 
 
 
500 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  20.94 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  22.89 
 
 
517 aa  84  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  22.88 
 
 
475 aa  83.6  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  20.33 
 
 
509 aa  82  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.54 
 
 
480 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.16 
 
 
463 aa  79  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.19 
 
 
456 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  23.52 
 
 
457 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  20.66 
 
 
804 aa  73.6  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.25 
 
 
477 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2688  lipopolysaccharide biosynthesis  23.72 
 
 
731 aa  70.5  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0256055 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.15 
 
 
456 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  24.53 
 
 
475 aa  67.8  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.79 
 
 
643 aa  67.4  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.98 
 
 
456 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  22.35 
 
 
739 aa  66.2  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  20.58 
 
 
720 aa  65.9  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 
664 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.39 
 
 
477 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.88 
 
 
642 aa  64.7  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.62 
 
 
750 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  22.51 
 
 
466 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.54 
 
 
601 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 
455 aa  62  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1116  lipopolysaccharide biosynthesis  21.98 
 
 
741 aa  60.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0704492 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  20.84 
 
 
727 aa  60.5  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  21.07 
 
 
872 aa  60.5  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  20.79 
 
 
722 aa  60.1  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  21.41 
 
 
488 aa  60.1  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  24.23 
 
 
736 aa  58.9  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  17.46 
 
 
753 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.32 
 
 
671 aa  59.3  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  23.42 
 
 
472 aa  59.3  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3304  lipopolysaccharide biosynthesis  21.39 
 
 
663 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  22.13 
 
 
741 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.66 
 
 
759 aa  58.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2908  lipopolysaccharide biosynthesis  22.1 
 
 
727 aa  57.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000198552 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 
509 aa  57.4  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1529  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.78 
 
 
499 aa  57.4  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417351  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2661  hypothetical protein  20.6 
 
 
684 aa  57  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.710156  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.15 
 
 
778 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  23.79 
 
 
720 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4516  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.24 
 
 
740 aa  56.6  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265427  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  28.16 
 
 
753 aa  56.2  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  23.33 
 
 
472 aa  55.5  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  18.33 
 
 
734 aa  54.7  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  21.89 
 
 
734 aa  54.7  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  21.91 
 
 
738 aa  54.7  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  25.76 
 
 
753 aa  54.7  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3532  exopolysaccharide biosythesis protein PslE  20.33 
 
 
663 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.393187  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.13 
 
 
511 aa  53.5  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  22.78 
 
 
662 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2701  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.99 
 
 
751 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.431033  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3415  lipopolysaccharide biosynthesis protein  18.79 
 
 
751 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  24.18 
 
 
742 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  22.49 
 
 
662 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0240  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.82 
 
 
760 aa  50.8  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0345486 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>