212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1770 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  93.19 
 
 
499 aa  939    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  100 
 
 
499 aa  1001    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  67.97 
 
 
499 aa  667    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  57.38 
 
 
490 aa  551  1e-155  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  51.76 
 
 
507 aa  488  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  38.25 
 
 
518 aa  350  4e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  40.78 
 
 
489 aa  324  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  38.45 
 
 
502 aa  306  6e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  34.16 
 
 
500 aa  286  7e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  37.84 
 
 
480 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  25.81 
 
 
510 aa  166  8e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  24.39 
 
 
511 aa  160  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  23.44 
 
 
527 aa  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.05 
 
 
530 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  23.79 
 
 
533 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.19 
 
 
514 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  24.51 
 
 
519 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.98 
 
 
520 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.47 
 
 
519 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  24.73 
 
 
505 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  22.93 
 
 
528 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
512 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.51 
 
 
518 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  23.98 
 
 
503 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  23.39 
 
 
510 aa  123  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  24.2 
 
 
514 aa  123  7e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.16 
 
 
520 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  27.2 
 
 
806 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  26.86 
 
 
480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  25.53 
 
 
524 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.47 
 
 
520 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.43 
 
 
522 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  24.85 
 
 
804 aa  110  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  26.87 
 
 
790 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.78 
 
 
474 aa  110  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  21.3 
 
 
517 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  22.8 
 
 
507 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  22.29 
 
 
517 aa  101  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.74 
 
 
519 aa  97.8  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.97 
 
 
493 aa  94.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  20.7 
 
 
461 aa  91.3  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  25.69 
 
 
779 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  26.18 
 
 
872 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  23.17 
 
 
472 aa  86.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  20.67 
 
 
508 aa  86.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  21.89 
 
 
521 aa  84.3  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  21.3 
 
 
475 aa  84  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 
731 aa  83.6  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  27.14 
 
 
734 aa  82  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  21.33 
 
 
532 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  20.2 
 
 
507 aa  82  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  25.71 
 
 
734 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.83 
 
 
455 aa  80.9  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  24.9 
 
 
509 aa  80.5  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  24.86 
 
 
772 aa  80.5  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.28 
 
 
487 aa  80.1  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  22.68 
 
 
505 aa  79.7  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  23.74 
 
 
726 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  22.28 
 
 
756 aa  77.4  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.72 
 
 
463 aa  77  0.0000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.5 
 
 
477 aa  77  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.71 
 
 
456 aa  77  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  23.2 
 
 
770 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.38 
 
 
753 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  22.2 
 
 
710 aa  75.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  22.37 
 
 
472 aa  74.7  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.5 
 
 
575 aa  74.7  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.2 
 
 
643 aa  74.3  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  23.32 
 
 
445 aa  73.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.23 
 
 
642 aa  72  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  20.32 
 
 
737 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  25.67 
 
 
750 aa  72  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  21.13 
 
 
756 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.93 
 
 
601 aa  70.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  23.03 
 
 
726 aa  69.7  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  22.71 
 
 
456 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  22.43 
 
 
478 aa  69.3  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  21 
 
 
711 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.01 
 
 
730 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.65 
 
 
653 aa  67  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.48 
 
 
456 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.02 
 
 
477 aa  66.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  28.57 
 
 
820 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  19.69 
 
 
747 aa  65.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  22.01 
 
 
469 aa  65.5  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  20.79 
 
 
466 aa  65.1  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  21.45 
 
 
743 aa  64.3  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2359  capsular exopolysaccharide family  20.88 
 
 
794 aa  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.682984  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  23.49 
 
 
466 aa  63.9  0.000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1816  protein-tyrosine kinase  23.16 
 
 
755 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  21.5 
 
 
736 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  22.79 
 
 
463 aa  63.2  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.29 
 
 
726 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 
467 aa  62.4  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  22.43 
 
 
509 aa  62.4  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  22.74 
 
 
774 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  23.47 
 
 
740 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.36 
 
 
755 aa  61.2  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.44 
 
 
720 aa  60.8  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  21.4 
 
 
733 aa  60.5  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>