98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2588 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  99.02 
 
 		 512 aa  1014    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  80.46 
 
 		 522 aa  807    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  95.19 
 
 		 520 aa  955    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 520 aa  1041    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  34.03 
 
 		 519 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.76 
 
 		 575 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.23 
 
 		 520 aa  239  9e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1015  hypothetical protein  31.58 
 
 		 436 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  27.26 
 
 		 508 aa  167  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.17 
 
 		 519 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  27.72 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0846  lipopolysaccharide biosynthesis  28.78 
 
 		 488 aa  144  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.56 
 
 		 530 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.65 
 
 		 499 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.74 
 
 		 499 aa  133  9e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  21.29 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.43 
 
 		 601 aa  131  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.41 
 
 		 507 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  23.66 
 
 		 510 aa  120  9e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  23.26 
 
 		 511 aa  115  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.29 
 
 		 489 aa  115  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  24.75 
 
 		 527 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  24.22 
 
 		 503 aa  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  21.56 
 
 		 499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.77 
 
 		 518 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.12 
 
 		 514 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  23.75 
 
 		 490 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  23.41 
 
 		 514 aa  106  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  24.61 
 
 		 517 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.29 
 
 		 519 aa  103  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  23.86 
 
 		 502 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  23.98 
 
 		 510 aa  96.7  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  23.75 
 
 		 500 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  22.7 
 
 		 532 aa  93.2  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  23.99 
 
 		 507 aa  92  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  25.86 
 
 		 505 aa  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.84 
 
 		 474 aa  90.9  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 804 aa  87.8  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  23.1 
 
 		 480 aa  87.4  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.48 
 
 		 455 aa  87.4  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  23.61 
 
 		 524 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  23.25 
 
 		 806 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  20.32 
 
 		 533 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.78 
 
 		 505 aa  79.7  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.05 
 
 		 493 aa  78.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.98 
 
 		 480 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  20.81 
 
 		 528 aa  78.2  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  22.09 
 
 		 507 aa  77  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2409  lipopolysaccharide biosynthesis  25.98 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.352526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.37 
 
 		 456 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  25.05 
 
 		 475 aa  72  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.58 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  23.47 
 
 		 509 aa  67.4  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.79 
 
 		 642 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.02 
 
 		 653 aa  66.6  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  22.74 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.83 
 
 		 790 aa  64.3  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0205  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.98 
 
 		 511 aa  64.3  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 456 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.27 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.72 
 
 		 643 aa  63.9  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.52 
 
 		 671 aa  63.2  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  19.81 
 
 		 521 aa  61.2  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  21.09 
 
 		 739 aa  60.1  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.7 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  21.94 
 
 		 741 aa  57  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  21.89 
 
 		 803 aa  56.2  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  20.81 
 
 		 499 aa  55.1  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  20.72 
 
 		 814 aa  55.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.350341  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 		 738 aa  52.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  24.79 
 
 		 710 aa  51.2  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  21 
 
 		 753 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.72 
 
 		 756 aa  50.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  28.04 
 
 		 734 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.07 
 
 		 477 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.11 
 
 		 755 aa  48.5  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.1 
 
 		 756 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.66 
 
 		 749 aa  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  21.3 
 
 		 756 aa  48.5  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22890  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.35 
 
 		 380 aa  48.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2632  non-specific protein-tyrosine kinase  22.16 
 
 		 745 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.405291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.5 
 
 		 477 aa  47.4  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1775  capsular exopolysaccharide family  20.54 
 
 		 803 aa  47.4  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00109135  normal  0.0290835 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4516  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 740 aa  46.6  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265427  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  27.4 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0800  hypothetical protein  27.78 
 
 		 721 aa  45.4  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  18.88 
 
 		 472 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23 
 
 		 737 aa  45.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  20.4 
 
 		 750 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  25.35 
 
 		 731 aa  46.2  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 778 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  23.05 
 
 		 457 aa  45.1  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1116  lipopolysaccharide biosynthesis  23.88 
 
 		 741 aa  44.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0704492 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  22.78 
 
 		 722 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3556  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.83 
 
 		 755 aa  43.9  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  26.53 
 
 		 747 aa  43.9  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3891  capsular exopolysaccharide family  19.28 
 
 		 802 aa  43.9  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  25.7 
 
 		 527 aa  43.5  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>