230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2477 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  100 
 
 		 499 aa  998    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  93.19 
 
 		 499 aa  939    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  68.44 
 
 		 499 aa  670    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  56.76 
 
 		 490 aa  552  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.09 
 
 		 507 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  37.48 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  39.88 
 
 		 489 aa  322  8e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  39.75 
 
 		 502 aa  310  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  35.2 
 
 		 500 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  37.82 
 
 		 480 aa  269  7e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  26.63 
 
 		 510 aa  176  7e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  25.76 
 
 		 511 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.66 
 
 		 530 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  23.24 
 
 		 527 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  26.36 
 
 		 514 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  24.06 
 
 		 533 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.78 
 
 		 519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  24.65 
 
 		 519 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.94 
 
 		 520 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  25.11 
 
 		 505 aa  134  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.89 
 
 		 518 aa  133  9e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  23.14 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  27.07 
 
 		 480 aa  126  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.31 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  23.45 
 
 		 510 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  27.76 
 
 		 806 aa  124  5e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.1 
 
 		 520 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  23.67 
 
 		 524 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  23.21 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.34 
 
 		 520 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  22.55 
 
 		 514 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  25.15 
 
 		 804 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  22.9 
 
 		 517 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.2 
 
 		 474 aa  111  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  26.57 
 
 		 790 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  22.08 
 
 		 517 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  22.61 
 
 		 507 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.29 
 
 		 519 aa  99.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  25.9 
 
 		 779 aa  96.7  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  20.61 
 
 		 461 aa  94.7  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.27 
 
 		 493 aa  90.9  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  25.57 
 
 		 731 aa  89.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  24.01 
 
 		 521 aa  89  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  21.83 
 
 		 532 aa  88.2  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  21.65 
 
 		 475 aa  87.8  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  23.58 
 
 		 472 aa  87  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  25 
 
 		 726 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  24.74 
 
 		 509 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  20.59 
 
 		 508 aa  85.5  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.82 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.38 
 
 		 756 aa  84.7  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.26 
 
 		 770 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.79 
 
 		 575 aa  84  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  26.93 
 
 		 734 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  20.08 
 
 		 507 aa  83.2  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  23.93 
 
 		 872 aa  83.2  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  23.09 
 
 		 734 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.6 
 
 		 642 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  24.44 
 
 		 463 aa  80.5  0.00000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  23.11 
 
 		 472 aa  79.7  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.65 
 
 		 456 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  22.42 
 
 		 772 aa  79.7  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  22.07 
 
 		 505 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  23.53 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.15 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.48 
 
 		 463 aa  76.3  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  22.76 
 
 		 711 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  20.32 
 
 		 737 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  23.04 
 
 		 466 aa  74.7  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  23.06 
 
 		 710 aa  73.9  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  22.65 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  20.53 
 
 		 750 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.93 
 
 		 756 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.49 
 
 		 467 aa  71.6  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.51 
 
 		 601 aa  71.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  21.74 
 
 		 466 aa  70.9  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.69 
 
 		 730 aa  70.5  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  22.53 
 
 		 478 aa  70.1  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.42 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  22.81 
 
 		 726 aa  69.7  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  21.56 
 
 		 753 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  21.65 
 
 		 743 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2359  capsular exopolysaccharide family  22.32 
 
 		 794 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.682984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.96 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  21.22 
 
 		 750 aa  67.8  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  26.37 
 
 		 820 aa  67  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.19 
 
 		 720 aa  67  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.68 
 
 		 726 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.91 
 
 		 724 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3175  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.66 
 
 		 710 aa  66.6  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.659876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  22.25 
 
 		 445 aa  66.6  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.08 
 
 		 653 aa  66.6  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  22.44 
 
 		 774 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1816  protein-tyrosine kinase  22.88 
 
 		 755 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  19.16 
 
 		 747 aa  64.7  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  24 
 
 		 740 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.62 
 
 		 745 aa  63.5  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4243  exopolysaccharide transport protein family  23.53 
 
 		 757 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>