121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3508 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  100 
 
 		 517 aa  1045    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  40.54 
 
 		 524 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  40.25 
 
 		 514 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  42.65 
 
 		 480 aa  368  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  39.38 
 
 		 510 aa  353  4e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  36.19 
 
 		 511 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  34.36 
 
 		 533 aa  284  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.73 
 
 		 530 aa  282  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  29.45 
 
 		 527 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  32.36 
 
 		 503 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  30.1 
 
 		 514 aa  230  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  31.65 
 
 		 518 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  28.31 
 
 		 528 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  28.11 
 
 		 519 aa  226  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  31.38 
 
 		 510 aa  214  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  28.04 
 
 		 532 aa  199  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  26.99 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.57 
 
 		 493 aa  159  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  26.28 
 
 		 507 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  28.76 
 
 		 505 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  27.27 
 
 		 507 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.74 
 
 		 507 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  24.24 
 
 		 537 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  24.07 
 
 		 490 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  26.43 
 
 		 505 aa  133  9e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  24.31 
 
 		 499 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.5 
 
 		 489 aa  121  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  23.6 
 
 		 521 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  22.9 
 
 		 499 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 		 474 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  25.67 
 
 		 509 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.3 
 
 		 499 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.33 
 
 		 520 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.17 
 
 		 520 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.27 
 
 		 512 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  25.43 
 
 		 502 aa  98.6  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.29 
 
 		 522 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  24.14 
 
 		 500 aa  94  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  24.04 
 
 		 519 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  26.58 
 
 		 487 aa  84.7  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.44 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.42 
 
 		 520 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.37 
 
 		 664 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3304  lipopolysaccharide biosynthesis  22.24 
 
 		 663 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  20.78 
 
 		 734 aa  72  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  21.79 
 
 		 499 aa  71.2  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.27 
 
 		 778 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.08 
 
 		 575 aa  70.1  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  20.5 
 
 		 736 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.78 
 
 		 804 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  22.06 
 
 		 722 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  23.71 
 
 		 662 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3532  exopolysaccharide biosythesis protein PslE  20.9 
 
 		 663 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.393187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  22.64 
 
 		 662 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.48 
 
 		 724 aa  64.7  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.26 
 
 		 456 aa  62  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.98 
 
 		 653 aa  61.6  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.8 
 
 		 720 aa  62  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  16.76 
 
 		 753 aa  62  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  20.43 
 
 		 509 aa  60.1  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.82 
 
 		 726 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  22.63 
 
 		 806 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.53 
 
 		 750 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  25.97 
 
 		 475 aa  58.2  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  21.25 
 
 		 742 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3891  capsular exopolysaccharide family  20.6 
 
 		 802 aa  56.2  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.09 
 
 		 643 aa  56.2  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  21.38 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.53 
 
 		 642 aa  56.2  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  22.06 
 
 		 472 aa  56.2  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  22.27 
 
 		 773 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.96 
 
 		 463 aa  55.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.17 
 
 		 455 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  20.7 
 
 		 508 aa  55.5  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  21.67 
 
 		 461 aa  54.7  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  24.26 
 
 		 456 aa  54.7  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.11 
 
 		 721 aa  53.5  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.37 
 
 		 718 aa  53.5  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 		 456 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  21.68 
 
 		 711 aa  52.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0065  capsular exopolysaccharide family  21.21 
 
 		 795 aa  52.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  21.46 
 
 		 770 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  19.89 
 
 		 743 aa  50.8  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  20.55 
 
 		 767 aa  50.8  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  23 
 
 		 710 aa  50.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.48 
 
 		 749 aa  50.4  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  27.92 
 
 		 820 aa  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  21.51 
 
 		 517 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  20.87 
 
 		 713 aa  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  19.57 
 
 		 457 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2153  capsular exopolysaccharide family  22.35 
 
 		 713 aa  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.428306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.32 
 
 		 601 aa  47.8  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  26.62 
 
 		 726 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>