298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2366 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  100 
 
 		 472 aa  946    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  56.24 
 
 		 475 aa  522  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  54.82 
 
 		 478 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  49.78 
 
 		 463 aa  436  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  48.2 
 
 		 466 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  45.43 
 
 		 461 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  45.78 
 
 		 469 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  40.49 
 
 		 472 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1376  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.15 
 
 		 465 aa  160  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  23.72 
 
 		 779 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.09 
 
 		 730 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  24.45 
 
 		 753 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  24.95 
 
 		 737 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  24.4 
 
 		 745 aa  130  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.06 
 
 		 711 aa  128  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.71 
 
 		 739 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  24.56 
 
 		 743 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  22.25 
 
 		 721 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.68 
 
 		 745 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.89 
 
 		 747 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  24.6 
 
 		 734 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.39 
 
 		 748 aa  118  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.17 
 
 		 701 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  21.21 
 
 		 731 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  22.51 
 
 		 756 aa  116  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  25.66 
 
 		 790 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  24.59 
 
 		 737 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  23.14 
 
 		 772 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  22.58 
 
 		 872 aa  111  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.99 
 
 		 764 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.06 
 
 		 724 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.29 
 
 		 726 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.06 
 
 		 726 aa  108  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  24.36 
 
 		 756 aa  107  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.31 
 
 		 738 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.54 
 
 		 548 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1597  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.86 
 
 		 739 aa  104  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  24.43 
 
 		 782 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  22.31 
 
 		 755 aa  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2106  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.55 
 
 		 724 aa  103  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.73 
 
 		 537 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  24.5 
 
 		 756 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  22.98 
 
 		 788 aa  100  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  22.87 
 
 		 758 aa  100  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  22.69 
 
 		 758 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  24.52 
 
 		 753 aa  99.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  22.52 
 
 		 770 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.57 
 
 		 463 aa  99  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.68 
 
 		 736 aa  98.6  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  25.36 
 
 		 774 aa  98.6  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  23.47 
 
 		 472 aa  97.8  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  23.5 
 
 		 709 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.89 
 
 		 696 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.7 
 
 		 785 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  21.33 
 
 		 756 aa  96.3  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  26.73 
 
 		 710 aa  95.5  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  22.95 
 
 		 797 aa  95.5  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.92 
 
 		 467 aa  95.5  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  21.44 
 
 		 466 aa  94  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  25.11 
 
 		 727 aa  93.6  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  25.7 
 
 		 727 aa  93.2  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  21.35 
 
 		 708 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  25.42 
 
 		 776 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  23.15 
 
 		 778 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3243  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.24 
 
 		 722 aa  90.9  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966104 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  27.56 
 
 		 733 aa  90.9  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  23.92 
 
 		 772 aa  90.1  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.02 
 
 		 734 aa  89  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.58 
 
 		 499 aa  87  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.17 
 
 		 499 aa  86.7  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  22.72 
 
 		 499 aa  86.7  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  22.06 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  24.61 
 
 		 731 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.92 
 
 		 750 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  24.09 
 
 		 729 aa  84.3  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.18 
 
 		 643 aa  84.3  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.7 
 
 		 491 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  25 
 
 		 688 aa  84  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0587  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.95 
 
 		 710 aa  82.8  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  23.6 
 
 		 741 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  21.91 
 
 		 750 aa  82.4  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.09 
 
 		 731 aa  80.9  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  23.69 
 
 		 763 aa  79.7  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  23.93 
 
 		 789 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 491 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  24.79 
 
 		 773 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  24.25 
 
 		 742 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.2 
 
 		 766 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  24.6 
 
 		 572 aa  79.3  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.2 
 
 		 707 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.42 
 
 		 707 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.48 
 
 		 737 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  24.63 
 
 		 715 aa  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  22.01 
 
 		 518 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 		 478 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.86 
 
 		 642 aa  77.8  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.3 
 
 		 776 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 750 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  24.59 
 
 		 572 aa  77  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  24.51 
 
 		 764 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>