225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0854 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.18 
 
 		 726 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.21 
 
 		 724 aa  678    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  53.94 
 
 		 747 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  100 
 
 		 709 aa  1425    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  42.36 
 
 		 720 aa  513  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  40.6 
 
 		 735 aa  496  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  34.59 
 
 		 715 aa  368  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  34.3 
 
 		 742 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  34.46 
 
 		 763 aa  361  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  35.22 
 
 		 713 aa  359  8e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  34.7 
 
 		 769 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  33.14 
 
 		 773 aa  343  7e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.2 
 
 		 784 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.5 
 
 		 774 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.47 
 
 		 766 aa  295  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.24 
 
 		 737 aa  291  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.91 
 
 		 804 aa  287  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.91 
 
 		 804 aa  287  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  32.9 
 
 		 738 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.81 
 
 		 759 aa  265  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  26.32 
 
 		 737 aa  172  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  26.99 
 
 		 756 aa  167  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  25.62 
 
 		 734 aa  155  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.72 
 
 		 745 aa  153  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  29.98 
 
 		 788 aa  150  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.55 
 
 		 748 aa  149  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.34 
 
 		 701 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  24.11 
 
 		 772 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  23.87 
 
 		 755 aa  137  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  26.78 
 
 		 758 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  26.61 
 
 		 758 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  25.8 
 
 		 753 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.29 
 
 		 764 aa  133  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  25.07 
 
 		 778 aa  131  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  23.77 
 
 		 782 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  24.21 
 
 		 711 aa  126  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.02 
 
 		 739 aa  126  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  24.5 
 
 		 688 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  25 
 
 		 727 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  23.69 
 
 		 753 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  24.58 
 
 		 756 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.53 
 
 		 770 aa  121  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0785  hypothetical protein  34.57 
 
 		 220 aa  121  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0778  hypothetical protein  34.04 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  28.38 
 
 		 776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  22.93 
 
 		 756 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  24.14 
 
 		 797 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  26.6 
 
 		 710 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  22.09 
 
 		 743 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.95 
 
 		 704 aa  117  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  23.91 
 
 		 872 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  23.48 
 
 		 750 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.31 
 
 		 756 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  22.47 
 
 		 790 aa  113  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  26.87 
 
 		 687 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.58 
 
 		 696 aa  112  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.42 
 
 		 491 aa  111  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.15 
 
 		 595 aa  110  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.19 
 
 		 737 aa  110  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  26.89 
 
 		 572 aa  108  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  26.22 
 
 		 572 aa  108  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.44 
 
 		 751 aa  107  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  24.47 
 
 		 764 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  24.74 
 
 		 729 aa  106  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 537 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  23.28 
 
 		 472 aa  106  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.49 
 
 		 548 aa  106  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  21.43 
 
 		 731 aa  105  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  24.18 
 
 		 463 aa  103  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.87 
 
 		 509 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.06 
 
 		 779 aa  103  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  22.6 
 
 		 466 aa  103  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.08 
 
 		 718 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.68 
 
 		 759 aa  103  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.22 
 
 		 731 aa  102  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.1 
 
 		 730 aa  102  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.19 
 
 		 721 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  22.19 
 
 		 738 aa  102  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  22.3 
 
 		 466 aa  101  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.2 
 
 		 491 aa  100  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  21.75 
 
 		 734 aa  100  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.66 
 
 		 776 aa  100  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  20.88 
 
 		 772 aa  100  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.1 
 
 		 467 aa  100  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  19.79 
 
 		 726 aa  99.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  21.8 
 
 		 779 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  27.44 
 
 		 731 aa  97.4  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.88 
 
 		 707 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.69 
 
 		 478 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.63 
 
 		 707 aa  95.5  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  21.85 
 
 		 469 aa  95.5  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0359  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  25.44 
 
 		 720 aa  94  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.302004  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.95 
 
 		 749 aa  92.8  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.72 
 
 		 789 aa  90.9  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.85 
 
 		 537 aa  89.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.45 
 
 		 750 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  22.67 
 
 		 461 aa  88.6  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  20.95 
 
 		 742 aa  87.4  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.09 
 
 		 730 aa  87  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.78 
 
 		 804 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>