161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4353 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 537 aa  1075    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  53.46 
 
 		 515 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  43.07 
 
 		 509 aa  341  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.56 
 
 		 491 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.82 
 
 		 478 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.1 
 
 		 491 aa  200  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.72 
 
 		 696 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.73 
 
 		 707 aa  196  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.46 
 
 		 707 aa  194  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  33.96 
 
 		 687 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.51 
 
 		 595 aa  192  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.39 
 
 		 537 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  34.27 
 
 		 688 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.9 
 
 		 548 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  31.48 
 
 		 764 aa  183  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.15 
 
 		 701 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  28.6 
 
 		 756 aa  170  6e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  28.35 
 
 		 572 aa  159  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  28.35 
 
 		 572 aa  159  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.48 
 
 		 734 aa  150  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  26.92 
 
 		 753 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  27.19 
 
 		 758 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  27.21 
 
 		 788 aa  141  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  28.15 
 
 		 715 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  27.21 
 
 		 758 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.57 
 
 		 745 aa  138  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  29.73 
 
 		 773 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  28.42 
 
 		 750 aa  138  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  29.29 
 
 		 782 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  30.5 
 
 		 742 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  27.73 
 
 		 776 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.5 
 
 		 748 aa  133  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.76 
 
 		 778 aa  131  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  28.81 
 
 		 713 aa  130  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.5 
 
 		 750 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  29.66 
 
 		 769 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.46 
 
 		 779 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  26.65 
 
 		 738 aa  124  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  28.09 
 
 		 772 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.26 
 
 		 784 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  25.9 
 
 		 747 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  29.19 
 
 		 763 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  27.21 
 
 		 756 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.77 
 
 		 764 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  28.09 
 
 		 737 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  25.8 
 
 		 789 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.96 
 
 		 739 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.82 
 
 		 718 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  22.44 
 
 		 755 aa  110  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  24.39 
 
 		 790 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  27.29 
 
 		 720 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.76 
 
 		 726 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.93 
 
 		 724 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.01 
 
 		 738 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 		 759 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  25 
 
 		 710 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.02 
 
 		 751 aa  103  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.11 
 
 		 766 aa  101  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  22.88 
 
 		 743 aa  101  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  23.97 
 
 		 770 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  26.85 
 
 		 709 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  23.08 
 
 		 771 aa  95.5  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  23.08 
 
 		 789 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  22.05 
 
 		 737 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  28.03 
 
 		 735 aa  92.4  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.66 
 
 		 804 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.44 
 
 		 804 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 731 aa  90.1  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.5 
 
 		 704 aa  89.7  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.46 
 
 		 756 aa  89.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.03 
 
 		 774 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  23.35 
 
 		 729 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.59 
 
 		 737 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.62 
 
 		 756 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  24.4 
 
 		 779 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  21.65 
 
 		 872 aa  82  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.59 
 
 		 776 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.84 
 
 		 730 aa  80.1  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.45 
 
 		 726 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  22.45 
 
 		 711 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  24.26 
 
 		 772 aa  77.4  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  22.51 
 
 		 472 aa  77  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 731 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.44 
 
 		 730 aa  74.3  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  23.05 
 
 		 774 aa  73.6  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.68 
 
 		 759 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  25.82 
 
 		 745 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.03 
 
 		 642 aa  70.9  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  22.7 
 
 		 721 aa  70.5  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.47 
 
 		 463 aa  70.1  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  25.34 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1073  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.52 
 
 		 728 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649181  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  22.67 
 
 		 708 aa  66.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1457  lipopolysaccharide biosynthesis protein  43.75 
 
 		 576 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.57 
 
 		 785 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  23.92 
 
 		 472 aa  65.5  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  24.19 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  21.35 
 
 		 797 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.57 
 
 		 643 aa  65.1  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  21.02 
 
 		 469 aa  63.2  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>