More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3056 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  100 
 
 
772 aa  1587    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  44.29 
 
 
745 aa  610  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  43.34 
 
 
753 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  35.12 
 
 
739 aa  484  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  38.28 
 
 
756 aa  482  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  38.21 
 
 
782 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  35.01 
 
 
758 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  35.15 
 
 
758 aa  459  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 
748 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  33.64 
 
 
788 aa  416  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.84 
 
 
764 aa  412  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  32.18 
 
 
778 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  35.12 
 
 
776 aa  395  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.52 
 
 
750 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  33.12 
 
 
779 aa  374  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  30.12 
 
 
789 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  30.56 
 
 
756 aa  323  9.000000000000001e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.18 
 
 
751 aa  320  7.999999999999999e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.68 
 
 
734 aa  317  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  30.78 
 
 
771 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  30.78 
 
 
789 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  29.54 
 
 
750 aa  283  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.2 
 
 
785 aa  278  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  29.02 
 
 
790 aa  276  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  28.45 
 
 
710 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  27.57 
 
 
738 aa  239  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  25.89 
 
 
737 aa  233  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  26.59 
 
 
743 aa  230  7e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1073  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.38 
 
 
728 aa  221  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649181  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  25.47 
 
 
756 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  24.38 
 
 
755 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.47 
 
 
759 aa  214  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 
730 aa  211  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  23.82 
 
 
731 aa  206  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  25.07 
 
 
770 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  24.39 
 
 
738 aa  201  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  25.42 
 
 
779 aa  201  6e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.33 
 
 
701 aa  198  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.71 
 
 
726 aa  194  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.9 
 
 
745 aa  191  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  23.75 
 
 
872 aa  184  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  25.88 
 
 
753 aa  183  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  27.29 
 
 
764 aa  181  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  24.15 
 
 
756 aa  180  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 
804 aa  172  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.93 
 
 
711 aa  172  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  23.24 
 
 
734 aa  171  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  24.15 
 
 
727 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  25.38 
 
 
733 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  30.16 
 
 
688 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.79 
 
 
491 aa  167  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  23.97 
 
 
790 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  30.04 
 
 
687 aa  162  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.26 
 
 
704 aa  161  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.95 
 
 
696 aa  161  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  23.05 
 
 
772 aa  160  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  24.23 
 
 
806 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  26.63 
 
 
527 aa  155  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  24.68 
 
 
737 aa  154  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.13 
 
 
776 aa  154  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.44 
 
 
707 aa  151  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  25.26 
 
 
742 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.83 
 
 
707 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2106  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.47 
 
 
724 aa  149  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.260834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.31 
 
 
478 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  22.17 
 
 
721 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  26.87 
 
 
715 aa  145  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  27.94 
 
 
773 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3692  lipopolysaccharide biosynthesis  24.35 
 
 
736 aa  144  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.306041 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  24.09 
 
 
774 aa  144  7e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  25.57 
 
 
763 aa  143  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.68 
 
 
491 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  28.93 
 
 
739 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  25.07 
 
 
769 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  26.85 
 
 
713 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.25 
 
 
730 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.24 
 
 
726 aa  139  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  28.93 
 
 
739 aa  138  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.27 
 
 
741 aa  138  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  28.65 
 
 
739 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.87 
 
 
548 aa  138  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  28.65 
 
 
739 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.27 
 
 
741 aa  137  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  27.27 
 
 
741 aa  137  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  27.27 
 
 
741 aa  137  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  23.82 
 
 
729 aa  136  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.4 
 
 
537 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3133  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.36 
 
 
588 aa  135  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.76 
 
 
731 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  27.27 
 
 
741 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  24.01 
 
 
709 aa  134  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.27 
 
 
741 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.21 
 
 
718 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6236  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 
735 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573901  normal  0.403128 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  28.19 
 
 
737 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0956  lipopolysaccharide biosynthesis  28.93 
 
 
466 aa  130  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.296448  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  23.08 
 
 
722 aa  130  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  23.38 
 
 
750 aa  130  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  25.9 
 
 
741 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.94 
 
 
784 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>