185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1111 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  84.88 
 
 		 687 aa  1129    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 688 aa  1374    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.49 
 
 		 701 aa  242  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.26 
 
 		 696 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.78 
 
 		 707 aa  234  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.78 
 
 		 707 aa  234  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  33.94 
 
 		 764 aa  218  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.63 
 
 		 478 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.86 
 
 		 491 aa  209  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.37 
 
 		 595 aa  196  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  25.4 
 
 		 756 aa  185  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.17 
 
 		 491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  27.31 
 
 		 734 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  32.7 
 
 		 572 aa  179  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.27 
 
 		 537 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  32.7 
 
 		 572 aa  179  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.97 
 
 		 745 aa  175  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  30.16 
 
 		 772 aa  169  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.1 
 
 		 548 aa  167  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  33.33 
 
 		 515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  28.57 
 
 		 739 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.77 
 
 		 748 aa  166  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.98 
 
 		 537 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  27.09 
 
 		 773 aa  164  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  28.1 
 
 		 769 aa  164  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  25.86 
 
 		 756 aa  164  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  25.52 
 
 		 750 aa  160  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  26.71 
 
 		 715 aa  160  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  27.33 
 
 		 753 aa  159  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  25.73 
 
 		 782 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  28.36 
 
 		 788 aa  157  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.33 
 
 		 779 aa  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  26.76 
 
 		 763 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.8 
 
 		 784 aa  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  27.73 
 
 		 710 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.37 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  27.44 
 
 		 742 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  25.58 
 
 		 720 aa  150  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  23.63 
 
 		 758 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  24.77 
 
 		 738 aa  148  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  27.97 
 
 		 713 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  22.92 
 
 		 758 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.93 
 
 		 751 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.2 
 
 		 778 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  30.53 
 
 		 737 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 		 737 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 764 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  24.09 
 
 		 779 aa  132  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  25.22 
 
 		 790 aa  130  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.22 
 
 		 737 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.33 
 
 		 730 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.65 
 
 		 704 aa  124  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  24.5 
 
 		 709 aa  123  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.66 
 
 		 766 aa  122  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  22.39 
 
 		 756 aa  121  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.31 
 
 		 756 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.86 
 
 		 789 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  23.5 
 
 		 747 aa  120  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.19 
 
 		 785 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.34 
 
 		 711 aa  118  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  26.82 
 
 		 735 aa  117  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  22.55 
 
 		 743 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.5 
 
 		 750 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.86 
 
 		 726 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 		 774 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  24.79 
 
 		 776 aa  112  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  23.08 
 
 		 727 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1457  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.53 
 
 		 576 aa  108  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  22.03 
 
 		 755 aa  107  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  23.41 
 
 		 770 aa  106  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 		 804 aa  105  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 		 804 aa  104  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.56 
 
 		 718 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  21.95 
 
 		 738 aa  102  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  25.1 
 
 		 789 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  25.1 
 
 		 771 aa  99.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  21.8 
 
 		 772 aa  99.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.01 
 
 		 759 aa  99.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.02 
 
 		 721 aa  98.6  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.93 
 
 		 759 aa  98.2  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  20.69 
 
 		 872 aa  97.4  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  25 
 
 		 472 aa  97.1  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  20.89 
 
 		 726 aa  92  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  27.47 
 
 		 466 aa  91.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  22.69 
 
 		 737 aa  90.9  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.57 
 
 		 749 aa  89.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  19.72 
 
 		 731 aa  88.6  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.26 
 
 		 731 aa  87.8  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  24.26 
 
 		 729 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  24.85 
 
 		 731 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  23.8 
 
 		 461 aa  83.2  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.71 
 
 		 745 aa  80.5  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  24.73 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.2 
 
 		 730 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  20.37 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.94 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.34 
 
 		 790 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  23.95 
 
 		 469 aa  72  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3133  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.62 
 
 		 588 aa  72.4  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  24.92 
 
 		 478 aa  69.7  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>