208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2684 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  69.16 
 
 		 784 aa  984    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  70.68 
 
 		 715 aa  976    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  70.63 
 
 		 773 aa  1015    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 742 aa  1452    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  72.11 
 
 		 769 aa  1016    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  71.82 
 
 		 713 aa  989    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  67.55 
 
 		 763 aa  936    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.94 
 
 		 774 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.72 
 
 		 737 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  45.48 
 
 		 766 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  35.48 
 
 		 709 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  47.51 
 
 		 759 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  44.8 
 
 		 804 aa  369  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  44.8 
 
 		 804 aa  369  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  34.02 
 
 		 747 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  35.76 
 
 		 735 aa  362  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.57 
 
 		 726 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  35.92 
 
 		 720 aa  335  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.61 
 
 		 724 aa  321  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  33.38 
 
 		 738 aa  298  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.14 
 
 		 734 aa  205  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  30 
 
 		 756 aa  182  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  27.01 
 
 		 756 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.05 
 
 		 748 aa  171  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  28.42 
 
 		 688 aa  168  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.4 
 
 		 491 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  26.13 
 
 		 758 aa  161  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.9 
 
 		 745 aa  159  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.21 
 
 		 701 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  25.71 
 
 		 758 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  24.66 
 
 		 756 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  27.85 
 
 		 687 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  27.05 
 
 		 753 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  25.72 
 
 		 772 aa  141  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.01 
 
 		 739 aa  137  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  26.54 
 
 		 788 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  28.99 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.29 
 
 		 696 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.02 
 
 		 778 aa  133  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  24.06 
 
 		 750 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  23.82 
 
 		 755 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  25.15 
 
 		 737 aa  132  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  25.35 
 
 		 743 aa  130  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  23.26 
 
 		 797 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.3 
 
 		 537 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.8 
 
 		 764 aa  127  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 		 759 aa  126  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  23.64 
 
 		 782 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.42 
 
 		 751 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.24 
 
 		 756 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  23.66 
 
 		 753 aa  124  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  24.31 
 
 		 779 aa  122  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  27.45 
 
 		 776 aa  120  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  23.93 
 
 		 731 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.67 
 
 		 779 aa  119  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.47 
 
 		 711 aa  118  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 704 aa  117  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.71 
 
 		 770 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 750 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.18 
 
 		 707 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  24.96 
 
 		 772 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.91 
 
 		 707 aa  112  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.81 
 
 		 737 aa  107  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.4 
 
 		 731 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  27.6 
 
 		 790 aa  107  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.05 
 
 		 726 aa  106  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 		 491 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  23.97 
 
 		 729 aa  104  8e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.25 
 
 		 730 aa  103  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  27 
 
 		 515 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.62 
 
 		 730 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.68 
 
 		 872 aa  102  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  24.29 
 
 		 771 aa  102  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.65 
 
 		 595 aa  101  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  26.15 
 
 		 472 aa  100  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  24.06 
 
 		 789 aa  99  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 467 aa  98.6  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.79 
 
 		 738 aa  98.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 		 718 aa  98.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  23.43 
 
 		 710 aa  98.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.86 
 
 		 789 aa  97.8  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.49 
 
 		 478 aa  94.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  26.11 
 
 		 466 aa  94.4  7e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  22.81 
 
 		 721 aa  94.4  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.9 
 
 		 745 aa  93.6  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  25.81 
 
 		 572 aa  92  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  23.74 
 
 		 461 aa  92  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  25.39 
 
 		 572 aa  90.9  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  24.74 
 
 		 790 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  24.13 
 
 		 466 aa  88.6  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.57 
 
 		 537 aa  88.2  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 776 aa  87.8  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  22.99 
 
 		 733 aa  87  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.88 
 
 		 548 aa  87  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  22.41 
 
 		 727 aa  85.1  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.65 
 
 		 749 aa  83.2  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.74 
 
 		 737 aa  82.4  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  20.06 
 
 		 708 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  23.13 
 
 		 774 aa  79  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  24.09 
 
 		 472 aa  78.6  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>