More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5924 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  57.62 
 
 		 788 aa  902    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  100 
 
 		 778 aa  1576    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  47.38 
 
 		 776 aa  657    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  40.5 
 
 		 758 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  40.21 
 
 		 758 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  37.16 
 
 		 789 aa  492  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  37.68 
 
 		 771 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  37.68 
 
 		 789 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.74 
 
 		 764 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  32.4 
 
 		 772 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.81 
 
 		 745 aa  389  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  33.33 
 
 		 753 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  32.12 
 
 		 739 aa  351  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  33.51 
 
 		 779 aa  348  3e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  32.11 
 
 		 782 aa  347  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.93 
 
 		 748 aa  343  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  31.61 
 
 		 756 aa  327  5e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.61 
 
 		 750 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  30.93 
 
 		 756 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.25 
 
 		 751 aa  270  7e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  30.63 
 
 		 790 aa  269  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.26 
 
 		 734 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  28.82 
 
 		 738 aa  249  9e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  28.35 
 
 		 750 aa  241  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  25.68 
 
 		 755 aa  235  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  26.28 
 
 		 738 aa  230  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  26.15 
 
 		 710 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  24.68 
 
 		 779 aa  217  5.9999999999999996e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  25.52 
 
 		 730 aa  212  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  26.76 
 
 		 753 aa  209  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  24.51 
 
 		 756 aa  208  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  24.06 
 
 		 743 aa  204  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.87 
 
 		 759 aa  204  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  24.7 
 
 		 756 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.92 
 
 		 785 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  25.09 
 
 		 770 aa  189  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.86 
 
 		 701 aa  188  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 737 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  25.6 
 
 		 731 aa  178  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  23.9 
 
 		 733 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  24.34 
 
 		 711 aa  172  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  25.52 
 
 		 804 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1073  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.55 
 
 		 728 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649181  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  23.03 
 
 		 726 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.54 
 
 		 872 aa  160  6e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.26 
 
 		 491 aa  159  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  24.05 
 
 		 737 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  25.15 
 
 		 527 aa  150  7e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  25.4 
 
 		 735 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.31 
 
 		 776 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  22.8 
 
 		 772 aa  147  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  25.55 
 
 		 734 aa  147  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  25 
 
 		 790 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3872  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.29 
 
 		 720 aa  146  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332027  normal  0.0244802 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  29.91 
 
 		 737 aa  144  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  25.03 
 
 		 727 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.3 
 
 		 726 aa  142  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  26.2 
 
 		 688 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  22.68 
 
 		 721 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  24.3 
 
 		 715 aa  140  8.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  25.74 
 
 		 774 aa  139  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.94 
 
 		 724 aa  138  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.51 
 
 		 745 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  24.02 
 
 		 713 aa  135  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  25.11 
 
 		 687 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.7 
 
 		 707 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.68 
 
 		 707 aa  132  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.45 
 
 		 704 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.38 
 
 		 537 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  25.11 
 
 		 709 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.53 
 
 		 548 aa  128  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.25 
 
 		 537 aa  129  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  26.94 
 
 		 773 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.91 
 
 		 720 aa  128  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.85 
 
 		 784 aa  127  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.6 
 
 		 595 aa  127  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  27.54 
 
 		 769 aa  126  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.37 
 
 		 730 aa  126  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2359  capsular exopolysaccharide family  25.58 
 
 		 794 aa  126  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.682984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  22.94 
 
 		 742 aa  125  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  28.3 
 
 		 720 aa  125  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  26.04 
 
 		 763 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  28.54 
 
 		 515 aa  124  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6509  Non-specific protein-tyrosine kinase  27.47 
 
 		 454 aa  124  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.6921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  25.07 
 
 		 732 aa  124  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.59 
 
 		 491 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.45 
 
 		 747 aa  123  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  29.08 
 
 		 764 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.9 
 
 		 749 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4111  capsular exopolysaccharide family  22.91 
 
 		 741 aa  123  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0897  capsular exopolysaccharide family  30.5 
 
 		 496 aa  122  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.240779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  25 
 
 		 740 aa  122  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.76 
 
 		 766 aa  122  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1363  lipopolysaccharide biosynthesis  28.92 
 
 		 464 aa  122  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000148306  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  23.42 
 
 		 722 aa  121  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  24.37 
 
 		 741 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.09 
 
 		 509 aa  120  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.74 
 
 		 737 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  25.81 
 
 		 747 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4497  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.11 
 
 		 734 aa  119  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.904654  normal  0.335117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>