More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4961 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  100 
 
 
788 aa  1604    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  47.18 
 
 
776 aa  668    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  57.62 
 
 
778 aa  892    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  40.03 
 
 
758 aa  492  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  40.32 
 
 
758 aa  485  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  35.75 
 
 
789 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  36.02 
 
 
771 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  36.02 
 
 
789 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.15 
 
 
764 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.57 
 
 
745 aa  409  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  33.38 
 
 
772 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  33.33 
 
 
739 aa  364  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  32.24 
 
 
753 aa  364  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  31.67 
 
 
756 aa  342  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.1 
 
 
748 aa  334  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  32.49 
 
 
782 aa  330  9e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  32.84 
 
 
779 aa  328  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.46 
 
 
750 aa  320  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.01 
 
 
751 aa  272  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  27.99 
 
 
734 aa  262  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  28.98 
 
 
756 aa  256  9e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  27.62 
 
 
710 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  28.83 
 
 
750 aa  249  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  26.86 
 
 
743 aa  235  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  27.22 
 
 
790 aa  231  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  27.59 
 
 
730 aa  230  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  27.3 
 
 
738 aa  221  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  25.86 
 
 
738 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  24.81 
 
 
755 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  27.26 
 
 
756 aa  207  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 
785 aa  204  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  26.12 
 
 
733 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  23.37 
 
 
756 aa  197  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.34 
 
 
759 aa  197  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  25.5 
 
 
779 aa  194  7e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.11 
 
 
770 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  24.53 
 
 
753 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.6 
 
 
872 aa  180  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  26.84 
 
 
711 aa  179  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  24.02 
 
 
737 aa  178  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  24.14 
 
 
731 aa  174  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.83 
 
 
726 aa  168  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  24.54 
 
 
745 aa  169  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.11 
 
 
701 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  23.74 
 
 
721 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.29 
 
 
491 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1073  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.47 
 
 
728 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649181  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  24.65 
 
 
688 aa  151  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  28.69 
 
 
715 aa  150  9e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  25.06 
 
 
737 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  22.64 
 
 
772 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  24.9 
 
 
527 aa  148  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.86 
 
 
804 aa  147  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.99 
 
 
734 aa  147  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  22.07 
 
 
727 aa  147  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  23.76 
 
 
742 aa  144  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  29.06 
 
 
773 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.11 
 
 
724 aa  144  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.91 
 
 
726 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  28.23 
 
 
713 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  25.73 
 
 
687 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.78 
 
 
784 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 
776 aa  141  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.5 
 
 
537 aa  140  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.62 
 
 
548 aa  139  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.93 
 
 
720 aa  139  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.84 
 
 
704 aa  139  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  28.21 
 
 
735 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  24.18 
 
 
722 aa  135  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  22.82 
 
 
797 aa  135  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  28.31 
 
 
764 aa  135  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  23.95 
 
 
806 aa  134  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  29.05 
 
 
742 aa  134  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  24.23 
 
 
774 aa  133  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  26.79 
 
 
709 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.85 
 
 
766 aa  132  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  28.54 
 
 
769 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  26.46 
 
 
790 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  28.97 
 
 
737 aa  129  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  27.18 
 
 
747 aa  129  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.7 
 
 
537 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.94 
 
 
737 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1363  lipopolysaccharide biosynthesis  26.73 
 
 
464 aa  126  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000148306  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.44 
 
 
509 aa  126  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  27.73 
 
 
763 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.56 
 
 
491 aa  125  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.34 
 
 
707 aa  125  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.14 
 
 
736 aa  124  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.78 
 
 
707 aa  124  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  23.68 
 
 
729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.54 
 
 
478 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 
731 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  25.11 
 
 
731 aa  122  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  22.97 
 
 
727 aa  121  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  25 
 
 
469 aa  120  9e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  23.11 
 
 
750 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  24.7 
 
 
747 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  24.72 
 
 
741 aa  119  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  24.6 
 
 
720 aa  118  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  25.81 
 
 
515 aa  117  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>