116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1376 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1376  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 465 aa  906    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  32.67 
 
 		 469 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  33.56 
 
 		 461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  34.27 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  32.08 
 
 		 472 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  32.21 
 
 		 475 aa  179  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  32.04 
 
 		 466 aa  176  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  34.06 
 
 		 478 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  28.99 
 
 		 463 aa  152  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.56 
 
 		 730 aa  103  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  24.11 
 
 		 753 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  23.73 
 
 		 755 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  22.9 
 
 		 743 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  21.55 
 
 		 708 aa  87.4  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  21.91 
 
 		 790 aa  86.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  21.83 
 
 		 756 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  21.7 
 
 		 737 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  25.82 
 
 		 710 aa  85.1  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 745 aa  83.6  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  22.17 
 
 		 753 aa  81.6  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  22.74 
 
 		 731 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.74 
 
 		 721 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  22.84 
 
 		 770 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  24.63 
 
 		 734 aa  72.8  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  22.51 
 
 		 756 aa  73.2  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  22.32 
 
 		 797 aa  70.1  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  21.6 
 
 		 472 aa  69.3  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  25.45 
 
 		 747 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  22.86 
 
 		 726 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  23.42 
 
 		 750 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.79 
 
 		 701 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.97 
 
 		 738 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  23.48 
 
 		 711 aa  66.6  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  20.47 
 
 		 518 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  23.17 
 
 		 788 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  26.25 
 
 		 735 aa  66.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.62 
 
 		 467 aa  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  23.69 
 
 		 872 aa  63.5  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  23.34 
 
 		 756 aa  63.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 		 724 aa  63.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 		 726 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.7 
 
 		 643 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.21 
 
 		 653 aa  62.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.9 
 
 		 696 aa  62  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.97 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.13 
 
 		 734 aa  61.6  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  20.29 
 
 		 772 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  22.4 
 
 		 466 aa  61.2  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.07 
 
 		 642 aa  60.8  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.47 
 
 		 750 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0081  capsular exopolysaccharide family  28.47 
 
 		 766 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.80701 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  21.88 
 
 		 779 aa  60.5  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.7 
 
 		 789 aa  60.1  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 707 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 707 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  24.85 
 
 		 733 aa  58.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.09 
 
 		 704 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  27.88 
 
 		 720 aa  58.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  24.55 
 
 		 731 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.3 
 
 		 720 aa  57.8  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3243  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.1 
 
 		 722 aa  58.2  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966104 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  23.1 
 
 		 772 aa  57  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.39 
 
 		 764 aa  57  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  21.88 
 
 		 727 aa  56.2  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  24.52 
 
 		 820 aa  56.6  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  21.88 
 
 		 729 aa  54.3  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.66 
 
 		 671 aa  53.1  0.000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 595 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.39 
 
 		 737 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.94 
 
 		 776 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 748 aa  52.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  24.62 
 
 		 771 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  19.91 
 
 		 499 aa  51.6  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  24.62 
 
 		 789 aa  52  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  24.55 
 
 		 709 aa  51.6  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  23.36 
 
 		 572 aa  51.2  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  22.26 
 
 		 742 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4497  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.38 
 
 		 734 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.904654  normal  0.335117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  20.53 
 
 		 756 aa  50.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0359  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  25.84 
 
 		 720 aa  50.4  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.302004  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4129  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.38 
 
 		 734 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.62537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  22.25 
 
 		 738 aa  50.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0587  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.45 
 
 		 710 aa  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  23.85 
 
 		 688 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.25 
 
 		 537 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1698  hypothetical protein  20.58 
 
 		 468 aa  49.7  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.625375  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  22.52 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  23.13 
 
 		 572 aa  48.9  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  27 
 
 		 713 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  19.06 
 
 		 767 aa  48.9  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.08 
 
 		 548 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  21.32 
 
 		 499 aa  48.5  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  20.45 
 
 		 742 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3557  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.28 
 
 		 710 aa  47.4  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2106  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.74 
 
 		 724 aa  47.8  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.43 
 
 		 784 aa  47.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.65 
 
 		 477 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3061  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.9 
 
 		 416 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2948  capsular exopolysaccharide family  38.81 
 
 		 484 aa  47  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 		 778 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>