More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2273 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2273  diguanylate cyclase  100 
 
 		 111 aa  229  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  67.59 
 
 		 456 aa  159  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.79 
 
 		 531 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  49.07 
 
 		 220 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 374 aa  102  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  50 
 
 		 341 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 680 aa  101  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48 
 
 		 322 aa  100  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.52 
 
 		 792 aa  99.8  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 398 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 681 aa  99.8  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.52 
 
 		 730 aa  99.4  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 698 aa  98.6  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  46.23 
 
 		 998 aa  98.6  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  45.37 
 
 		 372 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  46.23 
 
 		 623 aa  98.2  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 		 1020 aa  98.2  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.76 
 
 		 464 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.23 
 
 		 1009 aa  97.8  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.99 
 
 		 301 aa  97.8  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.67 
 
 		 308 aa  97.4  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.28 
 
 		 1015 aa  97.1  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.23 
 
 		 1018 aa  97.1  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.28 
 
 		 1015 aa  97.1  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.28 
 
 		 1015 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.28 
 
 		 1015 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47 
 
 		 317 aa  96.7  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47 
 
 		 317 aa  96.7  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.28 
 
 		 1009 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.28 
 
 		 1009 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.15 
 
 		 578 aa  96.3  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  47.71 
 
 		 792 aa  95.9  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.06 
 
 		 841 aa  95.9  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 314 aa  95.5  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 753 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  48.08 
 
 		 312 aa  95.5  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  47.71 
 
 		 836 aa  95.5  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  44 
 
 		 318 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 226 aa  94.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 360 aa  94.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.52 
 
 		 797 aa  94.4  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  44.76 
 
 		 380 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  48.11 
 
 		 344 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  42.73 
 
 		 282 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 565 aa  94  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1967  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.62 
 
 		 1026 aa  94  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.19 
 
 		 736 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 337 aa  94  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 387 aa  94  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 394 aa  93.6  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  47.06 
 
 		 1047 aa  94  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  45.19 
 
 		 381 aa  93.6  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  44.76 
 
 		 532 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 465 aa  93.6  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.95 
 
 		 438 aa  92.8  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  44.76 
 
 		 414 aa  93.2  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.64 
 
 		 710 aa  92.8  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  44.25 
 
 		 1073 aa  92.8  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 308 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 349 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 620 aa  92.8  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  46.3 
 
 		 603 aa  93.2  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 227 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 524 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 653 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  45.71 
 
 		 459 aa  92.8  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 569 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.05 
 
 		 548 aa  92  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  41.35 
 
 		 584 aa  92.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  42.06 
 
 		 821 aa  92  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  44.34 
 
 		 532 aa  92  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 1099 aa  92.4  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 492 aa  92  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 431 aa  92.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  46.3 
 
 		 454 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  44.95 
 
 		 516 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  44.95 
 
 		 634 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.28 
 
 		 331 aa  92.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 172 aa  91.7  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 368 aa  91.7  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 359 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 547 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.86 
 
 		 367 aa  91.7  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 769 aa  92  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 329 aa  92  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  46.36 
 
 		 712 aa  92  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 542 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 309 aa  91.3  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  45.19 
 
 		 609 aa  91.3  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 353 aa  91.3  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 1078 aa  91.3  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 385 aa  91.7  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  43.14 
 
 		 673 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  45.19 
 
 		 709 aa  91.3  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.37 
 
 		 459 aa  90.9  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 737 aa  91.3  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 569 aa  90.9  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 764 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40 
 
 		 611 aa  90.9  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 764 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>