More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2764 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1412  putative PAS/PAC sensor protein  65.4 
 
 
596 aa  799    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144483  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2764  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
593 aa  1220    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.359165  normal  0.516163 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1398  putative PAS/PAC sensor protein  56.75 
 
 
451 aa  378  1e-103  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0782  putative PAS/PAC sensor protein  53.29 
 
 
468 aa  370  1e-101  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.102287  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2016  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
589 aa  124  7e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.115165 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0984  putative PAS/PAC sensor protein  28.04 
 
 
445 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0111157  normal  0.198492 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1776  signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 
535 aa  103  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 
1399 aa  99  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  32.68 
 
 
837 aa  97.8  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
490 aa  95.9  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2466  putative PAS/PAC sensor protein  22.47 
 
 
558 aa  94.4  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  25.83 
 
 
821 aa  91.3  5e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  30.04 
 
 
1268 aa  90.9  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3403  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.18 
 
 
957 aa  88.2  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  20.35 
 
 
1560 aa  85.1  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
1139 aa  84.3  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 
1369 aa  83.6  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0867  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.3 
 
 
905 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.768776  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  24.65 
 
 
883 aa  83.2  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1643 aa  82.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.01 
 
 
1301 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.67 
 
 
1047 aa  80.9  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2875  putative PAS/PAC sensor protein  24.27 
 
 
707 aa  80.5  0.00000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510483  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0201  iron dependent repressor  26.02 
 
 
715 aa  80.5  0.00000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.132112  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2475  putative PAS/PAC sensor protein  27.27 
 
 
626 aa  80.1  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.732483  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1405  putative transcriptional regulator  58.21 
 
 
146 aa  79.7  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  25.17 
 
 
667 aa  80.1  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.35 
 
 
1051 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
1942 aa  77.8  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
1053 aa  77  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  26.9 
 
 
549 aa  75.5  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0220  putative PAS/PAC sensor protein  27.35 
 
 
432 aa  74.7  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1057  putative PAS/PAC sensor protein  24.51 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0334247  normal  0.158346 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
901 aa  74.3  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.180969  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.29 
 
 
1301 aa  72.4  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
784 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0333  putative PAS/PAC sensor protein  23.22 
 
 
477 aa  72  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.522963  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 
1559 aa  71.2  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 
1168 aa  70.9  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2272  putative PAS/PAC sensor protein  22.78 
 
 
925 aa  70.5  0.00000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.62 
 
 
1078 aa  69.7  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1722  putative PAS/PAC sensor protein  25.11 
 
 
479 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.98 
 
 
883 aa  68.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.2 
 
 
650 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  22.57 
 
 
3706 aa  68.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.48 
 
 
951 aa  67.8  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
801 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  24.5 
 
 
886 aa  67.8  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.16 
 
 
791 aa  67.4  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.94 
 
 
1478 aa  67  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1287 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.06 
 
 
625 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2213  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.26 
 
 
1069 aa  65.9  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.273979 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.59 
 
 
935 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1806  signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 
681 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.286721 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.59 
 
 
935 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  23.56 
 
 
1205 aa  64.7  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1410  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  28.71 
 
 
1120 aa  64.7  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132886  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  26.29 
 
 
588 aa  64.7  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.17 
 
 
957 aa  64.7  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
906 aa  63.9  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
795 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  26.76 
 
 
711 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.11 
 
 
1013 aa  63.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2569  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
627 aa  63.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.99 
 
 
1927 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  31.11 
 
 
783 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.9 
 
 
730 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
640 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
799 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.8 
 
 
1114 aa  62.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.33 
 
 
1432 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.37 
 
 
867 aa  63.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  27.1 
 
 
797 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 
795 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
805 aa  61.6  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.63 
 
 
596 aa  61.2  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 
795 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  26.83 
 
 
1934 aa  61.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  28.16 
 
 
795 aa  60.8  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.14 
 
 
925 aa  60.5  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 
891 aa  60.5  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  26.38 
 
 
733 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.98 
 
 
807 aa  60.1  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.06 
 
 
1021 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.96 
 
 
1121 aa  60.1  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.07 
 
 
1118 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.07 
 
 
1118 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1628  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
1026 aa  59.3  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677715  normal  0.19967 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
2693 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2038  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  26.15 
 
 
524 aa  59.3  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.032498  normal  0.0495143 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.08 
 
 
1120 aa  59.3  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.9 
 
 
604 aa  59.7  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.65 
 
 
761 aa  58.9  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.75 
 
 
1122 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  25.15 
 
 
538 aa  59.3  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1419 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.41 
 
 
1261 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.91 
 
 
1176 aa  58.5  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0770  putative PAS/PAC sensor protein  23.83 
 
 
439 aa  58.5  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0798004  normal  0.2382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>