More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1412 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1412  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
596 aa  1223    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144483  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2764  putative PAS/PAC sensor protein  65.4 
 
 
593 aa  799    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.359165  normal  0.516163 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1398  putative PAS/PAC sensor protein  54.43 
 
 
451 aa  364  3e-99  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0782  putative PAS/PAC sensor protein  56.29 
 
 
468 aa  356  7.999999999999999e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.102287  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0984  putative PAS/PAC sensor protein  27.65 
 
 
445 aa  102  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0111157  normal  0.198492 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  32.16 
 
 
490 aa  100  8e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1776  signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
535 aa  97.1  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
1399 aa  96.3  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  27.12 
 
 
837 aa  96.7  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2016  putative PAS/PAC sensor protein  24.55 
 
 
589 aa  92  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.115165 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
901 aa  91.3  4e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.180969  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  29.27 
 
 
1268 aa  91.7  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2466  putative PAS/PAC sensor protein  22.64 
 
 
558 aa  90.9  6e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  24.95 
 
 
821 aa  89.4  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0201  iron dependent repressor  27.2 
 
 
715 aa  89  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.132112  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1481  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.83 
 
 
1425 aa  89.4  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
1942 aa  85.1  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0220  putative PAS/PAC sensor protein  29.26 
 
 
432 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.91 
 
 
1301 aa  82.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.32 
 
 
791 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
1053 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.53 
 
 
1369 aa  82  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  27.15 
 
 
667 aa  81.3  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.76 
 
 
1643 aa  80.1  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1405  putative transcriptional regulator  55.88 
 
 
146 aa  80.1  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
1560 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
2072 aa  78.6  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.12 
 
 
986 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2875  putative PAS/PAC sensor protein  24.11 
 
 
707 aa  77  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510483  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 
1168 aa  77  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0867  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.79 
 
 
905 aa  76.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.768776  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.81 
 
 
1047 aa  75.9  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  23.12 
 
 
883 aa  75.9  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.94 
 
 
1419 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.76 
 
 
833 aa  73.9  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.05 
 
 
730 aa  73.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  27.9 
 
 
1065 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 
604 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 
1669 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2475  putative PAS/PAC sensor protein  26.06 
 
 
626 aa  71.2  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.732483  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.17 
 
 
1927 aa  71.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.42 
 
 
1051 aa  71.6  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  23.57 
 
 
588 aa  70.9  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 
1139 aa  70.9  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3403  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 
957 aa  70.9  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
640 aa  70.5  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 
1078 aa  69.7  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.19 
 
 
625 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  25.82 
 
 
920 aa  69.3  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2272  putative PAS/PAC sensor protein  25.22 
 
 
925 aa  68.9  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.32 
 
 
1478 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.34 
 
 
1559 aa  68.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  27.18 
 
 
549 aa  68.6  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1250  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
559 aa  68.2  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
720 aa  68.2  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.21 
 
 
1301 aa  68.2  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.86 
 
 
951 aa  67.8  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1722  putative PAS/PAC sensor protein  23.76 
 
 
479 aa  67.4  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.39 
 
 
1287 aa  67  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0985  sensory box protein  31.82 
 
 
976 aa  67.4  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.928504  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 
650 aa  66.6  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.07 
 
 
1051 aa  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1628  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
1026 aa  65.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677715  normal  0.19967 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  30.06 
 
 
783 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  24.92 
 
 
886 aa  65.5  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  24.72 
 
 
1258 aa  65.1  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 
1439 aa  65.1  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1057  putative PAS/PAC sensor protein  25.57 
 
 
449 aa  64.3  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0334247  normal  0.158346 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 
1143 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
945 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0133  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.04 
 
 
766 aa  63.9  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
602 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 
1143 aa  63.9  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0333  putative PAS/PAC sensor protein  24.66 
 
 
477 aa  63.9  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.522963  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  27.59 
 
 
733 aa  63.9  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.75 
 
 
867 aa  63.9  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
886 aa  63.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.01 
 
 
955 aa  63.5  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  23.92 
 
 
1589 aa  63.2  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  24.26 
 
 
538 aa  63.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
780 aa  63.5  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 
1121 aa  63.5  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1809  putative PAS/PAC sensor protein  22.26 
 
 
868 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.109167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.39 
 
 
784 aa  63.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1806  signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 
681 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.286721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.37 
 
 
1765 aa  62.4  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.52 
 
 
935 aa  62.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
805 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  22.15 
 
 
1092 aa  62.8  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 
1177 aa  62.8  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2213  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
1069 aa  62.4  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.273979 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
2693 aa  62  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
1000 aa  62  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0466  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
780 aa  62  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00551586 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  22.7 
 
 
3706 aa  60.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  23.59 
 
 
1714 aa  60.8  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0011  putative PAS/PAC sensor protein  23.47 
 
 
969 aa  60.8  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161167  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  26.82 
 
 
711 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.73 
 
 
935 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 
1013 aa  60.5  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>